הפרקליטות הצבאית הודיעה הערב (ש) כי הפרקליט הצבאי הראשי, האלוף דני עפרוני, הורה על פתיחת חקירת מצ"ח בנוגע למספר אירועים שהתרחשו במהלך מבצע צוק איתן ותלונות לגביהם התקבלו ממספר גופים וארגוני זכויות אדם.
אחד האירועים המשמעותיים היה אירוע שבו נהרגו ארבעה ילדים על חוף הים של רצועת עזה בעשרה ביולי. בדיווחים שהתקבלו בפרקליטות הצבאית, וכן בפניה של ארגוני זכויות אדם, עלו טענות כי במסגרת תקיפת צה"ל באותו יום נהרגו ארבעה ילדים בחוף הדייגים, בסמוך לנמל עזה. בעקבות כך, ובהתאם למדיניות החקירות של הפצ"ר, הוחלט על העברת המקרה לבחינת מנגנון הבירור המטכ"לי. הממצאים העובדתיים שנאספו על ידי המנגנון והוצגו לפצ"ר, ביססו יסוד סביר לחשד כי התקיפה בוצעה שלא בהתאם לכללים המחייבים את כוחות צה"ל.
אירוע נוסף שיחקר על ידי מצ"ח הוא הפגזת בית ספר של אונר"א בבית חאנון. בדיווחים שהתקבלו בפרקליטות הצבאית, וכן בפניה של אונר"א ושל ארגוני זכויות אדם, עלו טענות כי כתוצאה מתקיפת צה"ל באזור בית ספר של אונר"א בבית חאנון נהרגו 10 אזרחים. הממצאים העובדתיים שנאספו על ידי מנגנון הבירור המטכ"לי והוצגו לפצ"ר, ביססו יסוד סביר לחשד כי באירוע נעשתה חריגה מהכללים המחייבים את כוחות צה"ל.
גם מותו של נהג אמבולנס באזור חאן-יונס יועבר לחקירת מצ"ח לאחר שהוגשה תלונה על כך שנורה ונהרג על-ידי כוח צה"ל. גם במקרה זה מעלים הנתונים שהעביר מנגנון החקירה המטכ"לי חשד סביר לכך שבמסגרת האירוע חרגו הכוחות מהכללים המחייבים את כוחות צה"ל. עוד אירוע משמעותי שייחקר הוא אירוע שבו נהרגו 27 אזרחים בתקיפת בית משפחת אבו ג'אמע בחאן-יונס. האירוע עצמו התרחש בשישה ביולי ותלונה עליו הוגשה ממספר ארגוני זכויות אדם.
בנוסף הורה הפצ"ר על פתיחת חקירת מצ"ח בנוגע למספר אירועים שלא נבחנו על ידי המנגנון המטכ"לי, ובהם מותה של אישה פלסטינית במרחב שדה התעופה דהנייה, מקרה ביזה שעל פי החשד ביצעו חיילים בבתי פלסטינים, וגן ירי על מחמד תפיק קדיח בעת שנשא דגל לבן.
מצה"ל נמסר כי "הפרקליטות הצבאית ממשיכה לקבל תלונות הנוגעות להתרחשות לכאורה של אירועים חריגים במבצע. רבות מן התלונות הללו מוגשות בשם פלסטינים תושבי רצועת עזה, או על ידי ארגונים לא ממשלתיים ישראלים, פלסטיניים או בין לאומיים". עוד נמסר מצה"ל כי הפרקליטות פועלת באופן אקטיבי על מנת לזהות אירועים המצריכים בדיקה או חקירה.