המדינה הגישה את תשובתה לבג"צ בנוגע לעתירה המבקשת לבטל את הסכם עד המדינה עם הרב יאשיהו פינטו ואמרה: "החלטה בנוגע לגיבוש הסכם עד מדינה, או הסדרים דומים, על כל הכרוך בהם, מצויה בליבת הסמכות ושיקול הדעת המקצועי של התביעה הכללית. אלו נושאים מקצועיים מובהקים, אשר מהם בית המשפט נוטה ביתר שאת להדיר את רגליו ולהימנע מהתערבות בהם".

עוד נאמר בתגובה, שהוגשה באמצעות עו"ד חני אופק ממחלקת הבג"צים בפרקליטות המדינה, כי דין העתירה להידחות גם לגופה, שכן "הסדר הטיעון מגשים את מחויבותה רבת הפנים של המדינה בהגשמת מטרות הדין הפלילי וחקר האמת, תוך מתן משקל מאוזן ומידתי גם לצורך בהעמדתו לדין של המשיב וגם לצורך בהסרת עננה – בין אם בדרך הפרכה ובין אם בדרך אישוש – מעל ראש קצין משטרה בכיר בדרגת ניצב, ולפיה מיוחס לו לכאורה ביצוען של עבירות מתחום טוהר המידות בזיקה לתפקידו הציבורי".