שדה התעופה בן גוריון הוא כר פורה לרווחים עבור החברות הזוכות במכרז שם, אך נדמה כי לעיתים הפעילות המסחרית גוברת על טובת הצרכנים, בעיקר במחירים מופקעים. בדוח עצמו נמתחה ביקורת על הרשות, ונכתב כי היא לא מונעת מהעסקים שפועלים בה, בעיקר באזור הדיוטי פרי, בנושא הגבלת מחירים, שלפעמים הופכים להיות גבוהים מדי. 



בדוח עצמו נכתב כי "היעד העיקרי של הרשות במתן זכיונות בנתב"ג הוא מקסום רווחיה מהפעילות המסחרית", טוען מבקר המדינה בדו"ח הביקורת על התנהלות רשות שדות התעוה בהסכמים עסקיים עם זכיינים בנתב"ג. תנאי סף מחמירים ודמי הרשאה מינימליים גבוהים שרשות שדות התעופה קובעת במכרזים להקצאת שטחי מסחר בנמל התעופה בן גוריון מקטינים את מספר המתמודדים במכרזים", נטען בדו"ח – "דמי ההרשאה הגבוהים מכבידים על בעלי ההרשאה פוגעים במקרים רבים ביציבות ההתקשרויות של הרשות עצמה".



מבקר המדינה מתריע עוד, כי בשל גביית דמי ההרשאה הגבוהים, זכיינים ל"גלגלים" אותם על הצרכנים ומעלים את המחירים שהם נדרשים לשלם בחנויות הדיוטי-פרי: "שם ניצבים הנוסעים מול זכיין בלעדי, שעלול לגלם את הסכומים הגבוהים שהוא משלם לרשות במחירי המוצרים הנמכרים", נטען עוד בדו"ח - "למרות שבדיוטי פרי אין תנאים תחרותיים, הרשות אינה קובעת דרישות או מגבלות למחירי מוצרים הנמכרים בו, למעט בשירותי הסעדה. הבלעדיות שהרשות מקנה לזכיין בדיוטי-פרי מאפשרת לו לקבוע מחירים גבוהים יותר בגלל היעדר תחרות".



מרשות שדות התעופה נמסר בתגובה: "בשנים האחרונות השקיעה הרשות למעלה משבעה מיליארד שקל בבניית תשתיות תעופתית וכולן לטובת הציבור ומבלי להישען על תקציבי המדינה. כרשות ציבורית שומרת רש"ת על האינטרס הציבורי בתחרות הוגנת ובמתן תמהיל מסחרי הוגן ומגוון. ההכנסות ממנות את התעופה הפנים ארצית, את הבקרה האווירית בישראל , את האבטחה ופעילויות נוספות האמורות להיות ממונות מתקציבי המדינה.
הגידול בתנועת הנוסעים במדינת ישראל לא נחזה על ידי אף גורם מקצועי בישראל ובעולם, דבר שחייב שינויים בפעילות המסחרית והפניית תקציבים נוספים לבניית התשתיות התעופתיות והכל כדי לתת שרות מהטובים בעולם ומבלי לפגוע ברמת הבטיחות והביטחון. הרשות עמדה ועומדת בכל התחייבויותיה לציבור, לזכיינים, ולכלל בעלי העניין. לאחרונה העבירה הרשות לידי המדינה 2.4 מיליארד שקל מהכנסותיה, כך שהאינטרס הציבורי נשמר באיזון  מלא  ובהגינות ציבורית ועסקית".