תחילת שנות ה־80. שרשרת התפוצצויות של מכוניות בערים פלסטיניות, תופסת את השב"כ בהפתעה גמורה. אלא שלחוקרים, המנוסים בסיכול טרור פלסטיני נגד ישראלים, לא היה ולו קצה חוט כדי להבין מי האנשים שעומדים מאחורי הפעולות הללו. לחטיבה היהודית בשב"כ היו אז שני עובדים בלבד.
רק בתום ארבע שנים של חקירה מאומצת ודרמטית וסדרה נוספת של פעולות טרור, מצליחים החוקרים לשים ידם על מנהיגי המחתרת היהודית - ההתארגנות הטרוריסטית הגדולה והסדורה ביותר של הימין המתנחלי.
אז גם יתגלו מִצבוֹרי חומרי הנפץ, שיחשפו את התוכנית הגדולה והאולטימטיבית של המחתרת: לפוצץ את כיפת הסלע בהר הבית, המקום הרגיש ביותר במזרח התיכון.
באמצעות חומרים שטרם פורסמו, תמונות, הקלטות ועדויות ממקור ראשון – הן של השב"כ והן של אנשי המחתרת, מציג הבמאי שי גל, שלב אחרי שלב: כיצד קמה המחתרת ואיך פעל מנגנון הפיגועים; באיזה שיטות נקטה היחידה המיוחדת שהוקמה בשב"כ כדי ללכוד את חברי המחתרת; ולבסוף, איך הפכו מורשעי המחתרת למושכים בחוטי השלטון היום.
"המחתרת היהודית", סדרת דוקו חדשה בת שלושה פרקים של העיתונאי והבמאי שי גל, (תוקרן החל מרביעי הבא) 27 ביוני, 21:00 ב־ yes דוקו וב־STING.TV