ספק אם היה בתולדות המדינה עימות כה גלוי בין הרמטכ״ל לשר הביטחון ועוד בנושא כה חשוב כמו טוהר הנשק וערכי צה״ל. זה קורה בפרשת אלאור אזריה, שבה מתנהג אביגדור ליברמן כפוליטיקאי וראש מפלגת ימין, שמבקש לקושש קולות ולא כשר הביטחון והמגן החוצץ בינו לבין הפוליטיקאים. עוד לפני שמונה לשר הביטחון, התייצב ח״כ ליברמן בבית הדין הצבאי בחברת ח״כ אורן חזן ודומיו להזדהות עם חייל שרצח בדם קר מחבל פצוע שלא סיכן אף לא אחד.
כשר הביטחון ליברמן לא הסתפק בהחלטת הרמטכ״ל לקצוב את עונשו של אזריה בארבעה חודשים ונקט יוזמה משלו. הוא המליץ לנשיא, בניגוד לעמדת הרמטכ״ל והפרקליט הצבאי, לחון את אזריה. אמש הוא פרסם הודעת צער על החלטת הנשיא לדחות את בקשת החנינה.
אם ליברמן היה מגלה אחריות, והיה מבין כי האינטרס שלו כשר ביטחון הוא להוריד את הפרשה העגומה הזו, המשסעת את החברה בישראל בגלל מעורבות חסרת תקדים של הפוליטיקאים מימין, הרי הוא היה צריך להוציא הודעה אחרת לחלוטין. בהודעה כזו היה מצופה ממנו להביע תמיכה והערכה לנשיא המדינה, שמתחשב בעמדתו של הרמטכ"ל וקורא לסיים את העיסוק בנושא שאינו תורם, לא לצה"ל, לא לחברה, ובסופו של דבר גם לא לליברמן. שהרי הוא זה שיוצא נפסד מכל העולמות; בימין כועסים עליו על כך שאזריה ממשיך להיות בכלא עוד 11 חודשים, ובמרכז זועמים על כך שהוא אינו מגבה את הרמטכ"ל.
בשנה וחצי שהוא בתפקיד, ליברמן מפגין אחריות, שיקול דעת ומגבה את החלטות הרמטכ״ל וצה״ל במרבית הסוגיות. למעט מעידה אחת שבה אולי חשף מידע מודיעיני בעניין חיזבאללה וירי מסוריה הוא מוכיח שאכן, כהבטחתו שלו, הוא האריך את הפתיל שלו. בפרשת אזריה הוא שוב חוזר להיות ליברמן קצר הרוח עם הפתיל הקצר והאג׳נדה הפוליטית.