חוק המרכולים, אופן אישורו בכנסת, הפולמוס שעורר בשיח הציבורי וההפגנות בערים הגדולות נגד אכיפתו מחייבים לימוד לקח מרכזי אחד: מה שירכך את החיכוך המכאיב בין דת למדינה אינו דווקא הפרדה בין שתי ישויות אלה, אלא הפרדת דת ופוליטיקה. מה שהורס את היחסים בין דתיים לחילונים ומגחיך את המאבק על מה שהדתיים מכנים "צביון המדינה" הוא שאת אופי היחסים מכתיבים פוליטיקאים דתיים ולא דתיים, שדואגים בראש ובראשונה למעמדם ולמוניטין שלהם. את המאבק מנווטים ראשי מפלגות שהשאיפה המרכזית שלהם היא קידום מפלגתם והגברת השפעתה בזירה הפוליטית.
כזכור, גם יישומו של מתווה הכותל המערבי, שאושר לפני כשנתיים בממשלה ומטרתו לאפשר רחבת תפילה שוויונית בכותל שבה גם רפורמים וקונסרבטיביים יוכלו להתפלל, הוקפא על ידי ראש הממשלה. הסיבה היא התנגדותם של ראשי המפלגות החרדיות. הרי תפילה ליד הכותל של יהודים השייכים לזרמים לא אורתודוקסיים עלולה לקומם את המפלגות החרדיות ולסכן את שלמות הקואליציה. במילים אחרות, גם תפילה ליד הכותל המערבי, המקום הקדוש לעם היהודי, הפכה לנושא פוליטי.
הר הבית, לעומת זאת, נחלץ ממלתעות הפוליטיזציה. הרי אין שום ציווי דתי להתפלל על הר הבית. רבנים ויהודים חרדים שומרים על האיסור הישן לעלייה להר הבית. אבל רבני הציונות הדתית מצדם הפכו את סוגיית העלייה להר הבית לעניין לאומי, שהקשר שלו לדת לא פעם רופף ביותר. אחרי הכותל המערבי, גם הר הבית עבר תהליך פוליטיזציה.
המנהיג המיתולוגי של אגודת ישראל, הרב יצחק מאיר לוין ז"ל, שכיהן כשר וכחבר כנסת, נהג לשאת בכנסת נאומים נרגשים שבהם הטיף לשמירה על ערכים דתיים ותמיד קרא בהתרגשות את המשפט: "לא ככל הגויים בית ישראל". מישהו זוכר נאום בכנסת של השר דרעי על ערך השבת וקדושתה? מתי בפעם האחרונה נשמעו מדוכן הכנסת נאומים של סגן שר הבריאות יעקב ליצמן או של עמיתו משה גפני על חשיבותם ומרכזיותם של מצוות וערכים דתיים? אם הכל פוליטיקה, דאגה לשלמות הקואליציה והבטחת המשך כהונתם בממשלה, מה להם ולשבת, ומה להם ולמעמד הכותל המערבי כמקום תפילה לכל יהודי?
הפרדת דת ומדינה היא עניין מורכב שדורש מסגרת מיוחדת לדיונים והתייעצויות.
הפרדת דת ופוליטיקה גם היא אינה עניין פשוט. לנתק שרים, חברי כנסת ועסקני מפלגות מעיסוק בנושאים המעניקים להם חשיפה תקשורתית ותחושת חשיבות – זוהי משימה שנראית כיום בלתי אפשרית. לכן היוזמה להרחקת הפוליטיקה מהדת צריכה לבוא מלמטה, מהציבור. מה שבלשון תורת הנסתר נקרא "אתערותא דלתתא", התעוררות על ידי בני אדם.