חשיפת המנהרה ברפיח היא הרבה יותר ממה שהרשו לעצמם במערכת הביטחון לחלום עליו לפני תחילת בניית המכשול. שוב מוכיחה ישראל שכאשר יש החלטה ודברים מתנהלים תחת סדרי עדיפויות ברורים עם מינימום בירוקרטיה, ההישגים יכולים להיות חסרי תקדים ומהירים מאוד.
אבל לצד ההישג המרשים, הפתרון בנושא הוא באמת רק קצה הקרחון בכל הקשור למוכנות צה"ל לעימות הבא ברצועת עזה. לאחר הביקורת הקשה שספג, ובצדק, על מידת מוכנותו לעימות רחב ברצועת עזה, ובעיקר סביב המחדל בנושא המנהרות, הפיק צה"ל לקחים רבים. את מרב תשומת הלב תפס תחקיר המנהרות. צה"ל עצמו לא חסך ביקורת ויש הסבורים שהתחקיר הצבאי בראשותו של אלוף יוסי בכר היה קשה יותר מהדוח הנוקב של מבקר המדינה.
מחדל המנהרות תפס את מרבית תשומת הלב ודחק את העיסוק בכשלים אחרים. כיפת ברזל, שהצליחה למנוע כמעט לחלוטין את הירי היעיל לישראל, ביטלה למעשה דיון ציבורי עמוק לאחר מבצע צוק איתן. כיצד התמודד צה"ל מבחינה התקפית עם איום הרקטות, איך פעל המודיעין לאתר את בורות השיגור, מחסני האמל"ח ושרשרת הפיקוד של חוליות הירי ברצועה. כל אלה נדחקו לקרן זווית מול העיסוק במחדל המנהרות לאחר מבצע "צוק איתן".
מדינה שנכנסה לסחרור מערכות לאחר חטיפת גלעד שליט לבטח לא יכולה לזלזל בנזק האסטרטגי שהיא עצמה קבעה לאיום המנהרות שבמהותו הצבאית הפשוטה הוא איום טקטי. אבל כמעט בכל מבחן אפשרי שעליו ניתן לחשוב, האיום הרקטי היה ונשאר החשוב ביותר להתמודדות. מנהרה עלולה להוביל לנפגעים רבים, חטופים, תחושת חוסר ביטחון לאורך הגבולות ועוד. ירי רקטות לאורך זמן משתק מדינה, סוגר נמלי תעופה וים, וגורם לנזק כלכלי כבד, וזה כבר אסטרטגי באמת. את זה ישראל לא יכולה להרשות לעצמה בעימות הבא שעלול להתנהל בזירת הצפון והדרום במקביל, והשאלה הגדולה היא האם ישראל משקיעה את אותם משאבים שהיא משקיעה במנהרות גם בהתמודדות עם ירי הרקטות שלא באמצעות מערכות הגנה? כנראה שהתשובה שלילית.
בתקופה הקרובה, ככל שיחשפו עוד ועוד מנהרות ומשך הזמן בין אירוע לאירוע ילך ויתקצר, סביר שהשימוש בקלישאה "לחמאס אין אינטרס בעימות" יהפוך למטבע לשון שימושית בתקשורת. אבל האמת היא שכמעט בלתי אפשרי לקבוע אינטרס לארגון שבונה מנהרה מתחת למעבר סחורות שמשמש את תושביו ולכן ישראל צריכה להיות ערוכה כאילו עימות עלול לפרוץ כבר מחר בבוקר.