"נדרש טיפול שורש לחיסול הגירעון המובנה בתקציב הבריאות", כך קובע מבקר המדינה, יוסף שפירא, שמותח ביקורת חריפה על אגף התקציבים במשרד האוצר ועל אגף התכנון והתקצוב במשרד הבריאות, לפיה התנהלותם בנוגע לניהול תקציב מערכת הבריאות תרמה למשבר התקציבי ההולך ומחמיר במערכת הבריאות מאז שנת 2009.
הדו"ח מצביע על ניהול לקוי של תקציב משרד הבריאות – תקציבים מועברים באופן חד-פעמי מידי שנה במקום לבנות תוכנית רב-שנתית שתאפשר למוסדות להתארגן, התקצוב של בתי החולים הממשלתיים נעשה על פי יעדי השנה הקודמת ללא בדיקה מקיפה של הצרכים בפועל וקיימים פערים משמעותיים בין תוכניות העבודה של בתי החולים לתקציב שאושר להם, כאשר התקציבים הניתנים נמוכים משמעותית מהסכומים שאמורים לשקף את פעילותם.
הדברים מגיעים על רקע מאבקם של מנהלי בתי החולים הממשלתיים לפני מספר חודשים בנושא, בו אמרו כי אם לא יועבר להם עוד תקציב יאלצו להפסיק לספק טיפולים וניתוחים שאינם דחופים. לבסוף העבירו משרדי הבריאות והאוצר עוד תקציב, אבל מנהלי בתי החולים הממשלתיים עדיין מתריעים שאם בחודשים הקרובים שיטת התקצוב לא תשתנה הבעיה תצוף שוב.
בנוסף, מתריע המבקר גם על המצב בקופות החולים – התמיכה הכלכלית של המדינה בהן מבוססת על "הסכמי ייצוב", שנחתמים מידי שלוש שנים. על פי ממצאי המבקר, סכומי הסיוע הניתנים לקופות הולכים וגדלים, כך שמשנת 2009 עד 2012 הם יותר מהוכפלו. בנוסף, נכתב כי הסכמי הייצוב נחתמים באיחור ניכר, וזה מותיר את הקופות בחוסר תקציבי ובאי- ודאות. מצב זה, לדברי המבקר, "מקשה על משרד הבריאות למלא באופן מיטבי את תפקידו כרגולטור של מערכת הבריאות".
על פי הדו"ח, בחלק מהמקרים מטופלים מופנים לבדיקת CT במקום MRI רק בגלל מחירה הנמוך יותר, גם כאשר היא מתאימה פחות למצב הרפואי ולמרות שהיא חושפת את הנבדקים לקרינה מיותרת. קופות החולים לא מקפידות לנמק את הסיבות לסירובן לאשר בדיקות דימות (בדיקות רפואיות שמאפשרות להדגים בעזרת תמונות חלקים פנימיים בגוף), ולא קיים תקן לזמן המתנה המרבי לבדיקת הדימות שעלול להגיע עד לחצי שנה.
למרות זאת, יש העדפה בקביעת תורים ופענוח בדיקת לנבדקים במסגרת "תיירות מרפא". המבקר מעלה אפשרות כי זמן ההמתנה הארוך מעודד פעילות של "מאכערים" המקדימים תורים תמורת תשלום.
עוד עולה מהפרק כי שיעור מכשירי ה-MRI וה-PETCT ביחס לגודל האוכלוסייה, נמוך משיעורים במרבית מדינות ה-OECD, ומספר מכשירי ה-MRI בארץ קטן אפילו מהנדרש במדד הישראלי. כחמישית ממכשירי ה-CT שנמצאים בשימוש לא כוללים טכנולוגיה שמצמצמת את שיעור הקרינה הנפלטת מהם, למרות שזו קיימת. משרד הבריאות הוציא נוהל המחייב את בתי החולים לשלב את הטכנולוגיה עד סוף 2016 או לרכוש עד סוף 2017 מכשירים חדשים הכוללים אותה, אבל לא מפרסם לציבור מידע על ההבדלים בקרינה בין מכשירי ה-CT הפועלים בכל בית חולים.
המבקר מצא עוד כי לעיתים נעשות טעויות בסיכומי האבחנות הרפואיות שנכתבות בתיקי המטופלים בבתי החולים, בעקבותיהם חולה שהשתחרר מאשפוז עלול לקבל בקופת החולים טיפול שאינו מתאים לו. ב-18 בתי החולים שנבדקו כבוד החולה וזכויותיו לא נשמרים כראוי עקב תנאי אשפוז גרועים: שיעורי התפוסה הגבוהים שהובילו לכך שחולים התאשפזו במסדרונות, לכלוך במחלקות, מחסור במיטות טיפול נמרץ ותקני כוח אדם שחושבו לפני שנים ויתכן שאינם תואמים עוד את המציאות בשטח.
בביקורת עולה שחולים שוהים לפעמים יותר מ-15 שעות בחדר המיון, ונמתחה ביקורת על כך שמשרד הבריאות לא קבע את משך ההמתנה המרבי של הפונים לקבלת השירותים. גם על תיירות המרפא מסתכל המבקר בדאגה בהקשר זה, ומעלה חשש כי השירותים הניתנים במסגרת זו פוגעים בשירות הרפואי הניתן לתושבי המדינה.
לא קיים בסיס נתונים שמשקף את מצב התחלואה בתום השיניים בישראל, ואחוז המומחים בתחום נמוך ביחס לעולם. בנוסף, עד נובמבר 2014 40 מתוך 257 רשויות לא נתנו את "שירותי בריאות השן" בבתי הספר והגנים כנדרש.