כ-30 אלף רצים מכ-60 מדינות מרחבי העולם ומרחבי הארץ השתתפו הבוקר (שישי) במרתון ירושלים 2016. הרצים עברו במסלול המשלב אתגרים ומגוון רחב של נופים המאפיינים את העיר ירושלים. עקב המצב הביטחוני אבטחה כבדה הוצבה באזורים בו עברו המשתתפים. המנצח במרתון הוא קיפקוגיי שאדרק, בן 25 מקניה בזמן של 2:16:33.
המרתון הסתיים ללא אירועים חריגים. כוחות גדולים של מד"א שאבטחו רפואית את המרתון העניקו טיפול רפואי לארבעה מהמשתתפים שנזקקו להמשך טיפול. הם פונו במצב קל לבית החולים שערי צדק כשהם סובלים מחבלות קלות. עוד טופלו בסמוך למסלולי הריצה ובאוהלי המרפאות משתתפים שהתייבשו, התעלפו ונחבלו קלות, ולאחר טיפול רפואי במקום שוחררו ולא נזקקו לפינוי.
ראש העיר, ניר ברקת לאחר האירוע: "העובדה כי בשנה בה ירושלים סובלת מגל טרור שברנו את שיא הנרשמים מחו"ל, היא עדות לעוצמתה של ירושלים וליוקרתו הבינלאומית של מרתון ווינר ירושלים".
כאלפיים שוטרים, לוחמי מג"ב וסדרנים פעלו במטרה לאפשר את קיום המרתון תוך שמירה על הסדר הציבורי ואבטחת המשתתפים והצופים. כ-600 קצינים ושוטרים השתתפו במקצים השונים של המרתון וסיימו בהצלחה.
בין המקצים שנפתחו לקהל: חצי מרתון, מרתון מלא, מרוץ אופני יד לנכים, מרוץ חמישה ק"מ ומרוץ 10 ק"מ. בעקבות המרתון נחסמו צירים מרכזיים, אולם אזורי הכניסה לעיר, התחנה המרכזית, כביש בגין וגבעת שאול נשארו פתוחים.
במרתון השתתפו ילדים בעלי צרכים מיוחדים של "עלה". חמישה חודשים התכוננו עשרות הילדים עם הצרכים המיוחדים של 'עלה' למרתון ירושלים. חלק מהילדים השתתפו במקצה עם כיסאות גלגלים, חלקם עם הליכונים וחלקם על רגליהם. יחדיו עם שוטרי תחנת "לב הבירה" הם רצו במקצה של 800 מטרים.