מנהלי בתי הספר הנוצריים מזהירים כי לא יפתחו את שנת הלימודים הבאה לאחר שלטענתם סעיפי ההסכם עם משרד החינוך והאוצר לא כובדו וסכום של 50 מיליון ש"ח לא הועבר לבתי הספר. "למרות הסיכום שנחתם באוקטובר 2015 הובטח שבסוף חודש מרץ יעבור אלינו כל הסכום ולא ראינו שקל", אמר בוטרוס מנסור, מנכ"ל בית הספר הבפטיסטי בנצרת וחבר בוועד צוות המשא ומתן. "לאחר ההסכם הורדנו מתשלום שכר הלימוד 25% כדי לעזור להורים ועכשיו נאלצתי החל מיוני לחזור ולגבות מהם את סכום ההנחה של כל השנה באופן רטרואקטיבי והם זועמים".
לדבריו, "גם מנהלים של בתי ספר אחרים כורעים תחת הנטל". מנסור טען עוד כי "גם השעות של תכנית 'אתגרים' להשתלמויות למורים ומנהלים לא הועברו לבתי הספר הכנסייתיים, מדובר על סכום של כשני מיליון שקל".
כזכור, בראשון לספטמבר 2015 יצאו לרחובות הורים וצוותי של 47 בתי ספר מגנים ועד י"ב בהם לומדים כ-33,000 תלמידים והשביתו את הלימודים במחאה על חוסר יכולת לנהל את מוסדות החינוך הנמצאים בגירעון כלכלי גדול. לבסוף, לאחר חודש ימים סוכם על העברת 50 מיליון שקלים לשנה זו.
ממשרד החינוך נמסר: "נציגי משרד החינוך עובדים בשיתוף פעולה מלא עם נציגי בתי הספר הכנסייתיים והתקציב אשר הובטח שוריין עבור בתי הספר הללו. בהתאם ובכפוף להסכם, הושלם תהליך גיבוש הקריטריונים להעברת תקציב בסך 50 מיליון שקל. המשרד לשוויון אזרחי נערך לפרסם קול קורא לקראת העברת התקציב ובימים הקרובים תועבר מקדמה לבתי הספר".
ממשרד האוצר נמסר כי: "המשרד פועל כדי לעמוד בסיכום ולהעביר את הכסף בהקדם".