"היעדר פיקוח וטרינרי מוסדר ועקבי על שלל הדגים מעלה חשש לבריאות הציבור", מתריע מבקר המדינה, יוסף שפירא, בדו"ח ביקורת על תפקודו של אגף הדיג במשרד החקלאות. מחברי הדו"ח טוענים שרבים מהליקויים שנחשפו בביקורת שנערכה בשנת 2010 לא תוקנו. מהדו"ח עולה שממצאי הניטור הלאומי של המשרד להגנת הסביבה במהלך 2015 הראו חריגות מהריכוז המותר של כספית אורגנית במימי הים התיכון.
ביוני 2015 החליט המשרד להגנת הסביבה לברר במשרד הבריאות אם הוא דיווח על הממצאים לאגף הדיג שבמשרד החקלאות. במשרד הבריאות השיבו, כי נעשתה פנייה אל אגף הדייג בהמלצה להוציא הנחיה גורפת לאפעיל סמכות לאסור דיג בצפון מפרץ עכו. אגף הדיג אכן פרסם המלצה שלא לדוג בצפון מפרץ עכו.
עם זאת, מהביקורת עולה חשש להיעדר פיקוח מספיק על הדייג הן בים התיכון והן בכנרת. "נמצא כי בתקופת המעקב עד אוגוסט 2015 בתחום האכיפה הימית רק סירת גומי חצי קשיחה נותרה פעילה והיא הופעלה לסירוגין בכנרת ובים התיכון", נקבע בדו"ח. מפירוט התיקים שנפתחו על הפרות תקנות הדייג עולה שבשנת 2015 נפתחו 84 תיקים, לעומת 90 ב-2014 ו-196 ב-2013.
"לא נמצאה פעילות מתוכננת ויזומה לאכיפתה וצמצומה של פעילות כלי השיט הפועלים ללא רישיון דיג והאכיפה בנושא זה אינה מנוהלת על סמך תכנית סדורה", נטען בדו"ח, "משרד מבקר המדינה מעיר למנהל אגף הדיג, כי לצורך קביעת מתכונת פעילות אכיפה מפורטת בתחום הדיג הוא נדרש להכין לאלתר תכנית מובנית הכוללת יעדים מדידים לפעולות פיקוח ואכיפה בכל הנוגע לפקודת הדיג ולצורך הגנה על הים ומשאב הדגה".