בשיחה ברדיו 103FM עם חבר הכנסת המתפטר יעקב פרי על החלטתו לסיים את כהונתו במשכן, ענה האחרון כי "אני מרגיש טוב. תמיד יש מקומות לשיפור אבל רוחי לא נפלה. ההחלטה היא החלטה אישית שלי. אנחנו נטייל, נבלה וגם נמשיך לתרום. יאיר לפיד ביקש ממני לשקול את הדברים. אני באתי ליאיר ואמרתי לו זאת החלטתי והוא כיבד אותה. מיד אחרי זה הלכתי ליושב ראש הכנסת - זה סוף הסיפור. החלטה אישית שלי. לטעמי זאת לא הייתה החלטה פזיזה". בתשובה לשאלה האם שירת אכן בצבא סירב פרי לענות ואמר כי "בזה סיימנו את הסיפור לא נכנס לזה יותר".
כזכור, תחקיר של התכנית 'עובדה' ששודר אמש טען כי מבדיקה של דיווחים שונים של פרי על שירותו הצבאי בהזדמנויות שונות עולות סתירות מהותיות. בנוסף אנשים שלכאורה היו אמורים להכיר את פרי משירותו הצבאי כפי שדיווח עליו העידו כי לא שירת היכן שהעיד.
באתרים הרשמיים, מהשב"כ ועד אתר משרד החוץ, מופיע כי פרי שירת שירות צבאי מלא. תשובה לשאלה היכן נעשה שירות זה ניתן למצוא בדף של פרי באתר הכנסת. "שירות צבאי: טר"ש, טוראי ראשון, שירות בצנחנים". בשיחה עם האלוף במיל' יורם יאיר (יה-יה) מי שהיה מח"ט הצנחנים, הוא אומר כי לא הכיר את יעקב פרי בשנות ה-60 בצנחנים. בתשובה לשאלה האם אפשר לסיים שירות צבאי מלא בצנחנים בדרגת טר"ש עונה האלוף יה-יה שלא ייתכן דבר כזה.
בספר "שומרי הסף", מספר פרי כי נאבק לשרת בצה"ל למרות שסבל מאוושה בלב, אך נפצע במהלך שירותו. "חלק משירותי עשיתי בתפקידי מפקדה, אבל את רובו בתפקידים מבצעיים. לקראת סוף השירות שברתי את הרגל", נכתב בספר. אך באוטוביוגרפיה שלו הוא מספר שהפציעה שקטעה את שירותו כלוחם הייתה דווקא בתחילת השירות "זמן קצר לאחר הגיוס שברתי רגל באימונים". לאתר "וואלה" הוא סיפר כי "כמי שלחם במלחמת ששת הימים, בקרבות הדמים ברמת הגולן (במלחמת יום כיפור), סירבתי להאמין בשעות הראשונות שאנו בעיצומה של הפתעה מודיעינית חסרת תקדים".
בתכנית בערוץ 20 סיפק פרי גרסה נוספת לגבי שירותו הצבאי. "בתזמורת צה"ל ניגנתי תקופה קצרה מאוד בגלל פציעה". פרי מסביר כי בעקבות הפציעה עבר לשרת בתזמורת צה"ל וזה גם מה שכתב באוטוביוגרפיה שלו. בשיחה עם אראל ארזון-רווה, חצוצרן לשעבר בתזמורת צה"ל סיפר כי הוא לא היה בתמורת צה"ל. גם בשיחה עם חצוצרן נוסף, מיכאל סירקין, עולה כי לא זכור לו שפרי היה בתזמורת צה"ל. כך עלה גם בשיחות עם נגנים נוספים בתזמורת.
מחומרים שהגיעו לידי 'עובדה' עולה לכאורה כי בשנים בהן סיפר ששירת בצה"ל, עשה פרי שני דברים - עבד ולמד. מגיל 18 עד 20 התפרנס כחצוצרן בתזמורת קול ישראל ובגיל 20 עבד בהפקת 'גבירתי הנאווה' בהבימה, ולמד מזרח תיכון והיסטוריה באוניברסיטה העברית וניגן גם בתזמורת להקת המחול האוניברסיטאית. במסמכים צבאיים לעומת זאת נכתב במפורש שפרי לא שירת בצה"ל. סיבת הפטור - בלתי כשיר תמידית.
בהודעת ההתפטרות שלו מוקדם יותר אתמול כתב פרי "מעולם לא הסתרתי את העובדה כי בעיות בריאותיות מנעו ממני להשלים שירות צבאי מלא. בחודשים האחרונים מנסים גורמים שונים לקעקע את אמינותי ופועלי רב השנים למען מדינת ישראל. כל חיי נלחמתי, פעלתי ואף נפצעתי במסגרת תפקידי בשירות הביטחון הכללי. לאור העובדה כי הפרסומים המגמתיים מטילים צל כבד על פועלי רב השנים למען ביצור ביטחונה של מדינת ישראל וכמו כן על הערכים אותם מייצגת מפלגת יש עתיד, החלטתי לקחת פסק זמן מפעילותי הציבורית ולהגיש את התפטרותי מהכנסת".