לאחר שבג"ץ דחק במדינה לתת תשובה סופית לעתירות שהוגשו כנגד גירוש המסתננים מישראל, התברר כי מאחורי הקלעים נרקמו הסכמות בין ישראל לנציבות האו"ם לפליטים, ובכך הוסדר הנושא שהפך להיות חלק מדיון סוער בחברה הישראלית. ההסכם, אגב, כבר אושר ע"י היועץ המשפטי לממשלה, ד"ר אביחי מנדלבליט.
על פי משרד ראש הממשלה, ישראל הגיעה להבנות משותפות חסרות תקדים עם נציבות האו"ם לפליטים להוצאת מהגרים מישראל. נציבות האו"ם לפליטים תפעל ליציאת אוכלוסיות אלה למדינות מערביות, ומדינת ישראל תסדיר את מעמד חלק מהאוכלוסיות שתישארנה. במסגרת ההבנות המשותפות תפעל נציבות האו"ם לפליטים, באמצעות הסדרים עם מדינות מערביות שונות, ליציאה מישראל של לכל הפחות 16,250 מהגרים, ואילו ישראל תסדיר את מעמדם של אוכלוסיות מוגנות שמרביתן ממילא היו נשארות בישראל.
במשרד ראש הממשלה הביעו סיפוק שכן, לטענתם, הבנות אלו יאפשרו יציאת מספר גדול יותר של מהגרים מישראל מאשר במתווה הקודם, וכל זאת בחסות האו"ם והקהילה הבינלאומית. על פי ההסכם, המתווה, יחולק לשלושה שלבים ויימשך כחמש שנים, ובסופו צפויים אלו שיישארו בישראל לעבור הכשרות, יועברו למקומות שונים בארץ, על מנת להקל על האוכלוסיות שסבלו מהנושא, ואף תוקם מנהלת מיוחדת שתשקם את דרום תל אביב, בראשותו של אביגדור יצחקי, בשיתוף נציגים מהעירייה ומהשכונות. על פי משרד ראש הממשלה, הכספים שהיו אמורים להיות מושקעים בתוכנית הפליטים הקודמת, יופנו לתהליך של השיקום.
ממשרד ראש הממשלה נמסר כי "לאור העובדה שמדינת ישראל ונציבות האו"ם לפליטים משלבות זרועות לשם מימוש מתווה זה, מתייתר הצורך להמשיך במדיניות הוצאה בכפייה למדינות שלישיות בתקופת יישום המתווה החדש. ראש הממשלה ושר הפנים פעלו לקיום המתווה הקודם, אך בשל אילוצים משפטיים וקשיים מדיניים מצד המדינות השלישיות היה צורך להגיע להבנות חדשות ומשופרות שיבטיחו המשך יציאת אלפי מהגרים מישראל ומתן טיפול מקיף לבעיה".