עם היוודע דבר ההרשעה אמר רותם לשופט דניאל בארי: "זה יום הניצחון שלי על כל המאפיה הזו, מאפיה של ממסד שלם, קרי משטרת ישראל ופרקליטות מחוז תל אביב, שנתנו ונותנים יד לפשעים נגד הציבור. אף אחד לא יכול לעצור אותי, אמשיך ואלחם עד יומי האחרון".
רותם פנה לשופט בארי ושאל מה הוא היה עושה לו נתקל בפשעים שהוא עצמו נתקל בהם, אך השופט סירב להשיב על שאלתו. רותם הוסיף וקרא למבקרי המדינה הקודמים - מיכה לינדנשטראוס ואליעזר גולדברג - פושעים, והבטיח שימשיך להיאבק בפרקליטת המשטרה ואף יגיע ליועץ המשפטי לממשלה. "יש לי את הטלפון שלו", הכריז.
כתב האישום שהוגש נגד רותם כלל לא פחות מ־19 סעיפים, שעוסקים בפניות חוזרות ונשנות "בלשון בוטה" של רותם בטלפון, בפקס ובהודעות, לקציני משטרה, לפרקליטים ולבכירים ברשות המסים ובנציבות שירות המדינה. בפניות אלו טען רותם כי מעשי שחיתות רבים מחופים וכי חקירות של היחידה הארצית לחקירות מכס ומע"מ מטויחות. אחד מהאישים הבולטים שרותם מאשים בשחיתות - ושעל האשמות אלו הועמד למשפט בגין העלבת עובד ציבור - הוא שופט השלום מנחם מזרחי, שהיה סגנה של עורכת הדין רות דוד בעת שכיהנה כפרקליטת מחוז תל אביב בפרקליטות המדינה.
השניים החליטו לסגור את תיק החקירה בתלונת "קבוצת ה־15" - קבוצה של 15 קצינים וחוקרים ברשות המסים, ובהם רותם, אשר פנו ב־2007 למבקר המדינה ולוועדת המשנה של הכנסת ללחימה בשחיתות ציבורית, בבקשה לחקור שחיתויות שהתגלו לטענתם ברשות המסים, במשטרת ישראל, בפרקליטות המדינה, ובנציבות שירות המדינה.
רותם עצמו אישר במהלך המשפט את לשון המסרים שלגביהם הוגשו האישומים, אולם המשיך לעמוד מאחוריהם וטען כי כל אחד מהם הוא אמת לאמיתה.
את ההגנה ניהל רותם בעצמו. "ביקשתי לפחות 200 פעם שימנו לי עורך דין מהסנגוריה הציבורית, כפי שמגיע לי, והם לא עשו זאת", הוא מבהיר. "נאלצתי לנהל את ההגנה שלי בעצמי תוך כדי שאני מסביר לשופט שאני לא עורך דין".
במסיבת העיתונאים שערך ערב הכרעת הדין אמר רותם לתקשורת: "מדי שנה נגרעים כ־50 מיליארד ש"ח מהציבור בגלל פרשה שלא נחקרת ושרות
דוד טייחה - אבל ל'מדינה' יש זמן 'להיעלב' ולרדוף את רפי רותם באישום של העלבת עובדי ציבור במקום למצות את הדין עם אותם עובדי ציבור שסרחו". רותם שב והזכיר כי השחיתויות ברשות המסים הובילו למותו של מקור מודיעני שפעל בעבור רשות המסים בתוך משפחות הפשע ונרצח ב־2005.
"רעידת אדמה ציבורית"
לאולם בית המשפט הגיעו בבוקר חמישי מעל 60 תומכים, רובם אקטיביסטים חברתיים המלווים את מאבקו של רותם זה שנים. מלי אלפסי, פעילה מוכרת במאבק על גבעת עמל המלווה את רותם כבר קרוב לשבע שנים, אמרה: "אני כאן היום כי אני מרגישה שכל אחד מאיתנו הוא רפי רותם". גם יוסי ברנע, פעיל עבר בעמותת עוגן להגנה על חושפי שחיתויות, הגיע לתמוך ברותם: "למדתי את הנושא מקרוב והגעתי למסקנה שרפי רותם חשף מגה־שחיתות, ולכן אף גוף ביקורת אינו מוכן להתמודד איתו. מדובר ברעידת אדמה ציבורית".
מסלול חייו של רותם לא העיד בתחילתו על אדם שיהפוך כמעט לחסר כל ולאורח קבוע בבתי המשפט ובתחנות המשטרה. רותם בן ה־54 שירת כקצין מודיעין בצה"ל, ועם סיום שירותו הצבאי החל לעבוד כחוקר בחקירות במכס ומע"מ תל אביב. ב־1999, לאחר 15 שנות עבודה ברשות המסים, נתמנה לקצין מודיעין ופרויקטים מיוחדים ביחידה הארצית לחקירות מכס ומע"מ. תפקידו ביחידה כלל תפיסת מכולות סיגריות מוברחות - מקור הכנסה עצום למשפחות הפשע בישראל - וכן סיוע למשטרה במאבקה במשפחות אלו.
ב־2003, אחרי ארבע שנים בתפקיד, החל רותם להתריע על חשדות לשחיתות ברשות המסים ועל שיתופי פעולה עם משפחות הפשע, ואף פנה למערכת המשפט כדי לקבל מעמד מוגן של חושף שחיתויות. בקשתו נדחתה ב־2005, ואז גם הופסקה העסקתו ברשות. רותם עתר לבג"ץ, אך בקשתו נדחתה גם שם. בג"ץ קבע כי בקשתו של רותם מקורה ב"יחסי עבודה עכורים".
אבל רותם לא ויתר. "אני לא לבד במאבק, יש איתי עוד 14 איש שפנו גם הם בבקשה לחקור שחיתויות ברשות המסים וברשויות אחרות", הוא אמר ל"המגזין". "אני מגובה היום בציבור שתומך בי. יש מקרים של דברים שפתחנו ועברו לחקירה, ואנשים הלכו לכלא. זו מלחמה צודקת. לא ייתכן שאנשי חוק יהיו מחוברים לפשיעה".
ולרותם יש על מה להתבסס וגם במה להתגאות: על סמך עדותו ועדות חבריו מרשות המסים כבר נפתחה חקירה משמעותית שהובילה ב־2009 לשמונה כתבי אישום חמורים, שכללו סעיפי שוחד והתערבות של גורמים חיצוניים במינויים ברשות. שמונת הנאשמים בפרשה, הידועה כ"פרשת רשות המסים", היו ג'קי מצא, שולה זקן, גידי בר־זכאי, שמואל בוברוב, יעקב (קובי) בן גור, יורם קארשי, יגאל סער ויוסף שטיינמץ. עם זאת, הם הורשעו בסעיפים מינוריים יחסית ורובם חתמו על עסקאות טיעון וקיבלו עונשי מאסר קצרים ביותר, אם בכלל.
היועץ המשפטי לשעבר מני מזוז קבע שמכל פרשיות השחיתות שראה - זו החמורה ביותר, משום ש"פה העמיק הנגע לתוך הגוף והפך ממש לסרטני". כתב האישום תיאר מסכת אירועים שבמסגרתם פעלו אנשי עסקים ובעלי אינטרסים אישיים מרשות המסים כדי לבסס את השפעתם על הנעשה ברשות - וכך להשפיע על החלטות המתקבלות בה. רותם טוען כי פרקליטת מחוז תל אביב רות דוד טייחה את החקירות וסגרה תיקים ללא סיבה. בדבריו אחרי המשפט קרא רותם לדוד "מגה־פושעת".
אביר איכות השלטון
רותם שילם ומשלם מחיר אישי קשה. המשפחה שלו התפרקה. הוא מחוסר עבודה ובית ונע ונד בין מקומות שבהם הוא מניח את ראשו כדי לנוח. תקופה ארוכה הוא התגורר ברכב וברחוב. לדבריו, ב־13 השנים האחרונות נפתחו נגדו קרוב למאה תיקים במשטרה. בתי המשפט בשלוש ערכאות דחו את טענותיו כי פוטר משום שחשף שחיתויות, ושני מבקרי מדינה לשעבר התעלמו מבקשותיו לקבל הגנה ומעמד של חושף שחיתויות. "הייתי עושה זאת שוב", אמר ערב המשפט. "אני אדם חזק, לא מתרפס לפני אף אחד. הקו שאני מוביל הוא קו צודק, ואנחנו ננצח". על שאלה לגבי פסק הדין הצפוי והתעקשות התביעה על עונש מאסר במקרה שיורשע הוא השיב: "אין לי ספק שאני הולך לקבל זמן בפנים, לא אכפת לי לשבת גם 20 שנים. לא ישברו אותי".
בדצמבר 2013 פנו 44 עיתונאים במכתב למבקר המדינה ובו ביקשו ממנו שיכיר ברפי רותם כחושף שחיתויות ויעניק לו את ההגנות המתבקשות במעמד זה. ב־2014 העניקה התנועה לאיכות השלטון לרותם את אות "אביר איכות השלטון לשנת 2014" בקטגוריה "חושף שחיתויות". בינואר 2015 העניק לו מבקר המדינה השופט יוסף שפירא, צו הגנה והכרה כחושף שחיתות וכמו כן החליט להעניק לו פיצוי כספי על סך 36 חודשי שכר, וגמלה שוטפת מהמדינה בגין מעמדו.
מרשות המסים נמסר בתגובה: "כל הטענות שהעלה רפי רותם לאורך השנים נבדקו ונחקרו על ידי גופי החקירה והביקורת, ולא נמצא בהן כל ממש. יש להצטער על שאתם מוצאים לנכון לתת שוב במה לטענות אלו".
ממשטרת ישראל נמסר בתגובה: "מר רותם מעורב בלמעלה מ־50 תיקי חקירה מאז 2003, אם כמתלונן ואם כחשוד. מר רותם הגיש סדרת תלונות שונות ומגוונות במספר יחידות במשטרה וכן במשרד מבקר המדינה, שלימים נאלצו להתלונן נגדו בגין הטרדות ואיומים, העלבת עובד ציבור והפרת הוראת עבירות תנועה. בגין עבירות אלו נפחו כנגד רפי רותם 20 תיקים בגין איומים והטרדות (בחלקם אף הוגש נגדו כתב אישום). ביחידה הארצית של המשטרה איחדו את כלל תיקי החקירה בגין תלונותיו של מר רותם לכדי חקירת פרשה רבת־מעורבים ותת־חקירות.
"צוות החקירה גיבש בזמנו ממצאים והעביר את התיקים לפרקליטויות השונות להמשך הטיפול. בעניין החשדות בנוגע למינויים ברשות המסים: בתום החקירה ביחידה הארצית לחקירות הונאה הוגש כתב אישום כנגד המעורבים על ידי המחלקה הכלכלית בפרקליטות המדינה. חלק מהנושאים שלגביהם התלונן מר רותם נבדקו, נחקרו ונסגרו על ידי הגורמים המוסמכים לכך. המתלונן קיבל הודעה על סיום הטיפול כמקובל".