על פי גורמי הביטחון, חלק מהחשודים נעצרו כבר בשלב החקירה על ידי שב"כ, ימ"ר מרכז במשטרת ישראל וצה"ל, בחשד לעבירות ביטחוניות שבוצעו תוך ניצול תפקידם ומעמדם ביחידות מבצעיות.
במהלך החקירה נתפסו ארנקי קריפטו וכספים במזומן בשווי מצטבר של מעל 50 מיליון ש"ח. לאחר שנודע לחלק מהנאשמים על תחילת החקירה ומעצרו של אחד המעורבים בפרשה, פעלו שלושה נאשמים על מנת להעלים ראיות בכוונה להכשיל את החקירה. התיק נחקר בין היתר בעבירות ביטחון.
מהחקירה עלה כי מדובר בפרשייה שיטתית, במסגרתה ניצלו המעורבים את סמכויותיהם וגישתם למערכות רגישות לצורך הפקת רווחים אישיים, לעיתים תוך שיתוף פעולה עם גורמים אזרחיים, בהם גם תושב מזרח ירושלים.
כתב האישום הוא פרי חקירה משותפת שהתנהלה ע"י שירות הביטחון הכללי, ימ"ר מרכז במשטרת ישראל, המשטרה הצבאית החוקרת (מצ"ח) והמחלקה לחקירות שוטרים (מח"ש).
בד בבד עם כתב האישום, התבקש בית המשפט להורות על מעצרם של ארבעה נאשמים עד תום ההליכים המשפטיים נגדם, וקביעת תנאים מגבילים עד תום ההליכים לשלושת הנאשמים הנוספים. בהחלטת בית המשפט, יתר פרטי התיק אסורים בפרסום.
התרעות פיקוד העורף