הפרקליט הצבאי הראשי, אלוף דני עפרוני, הורה היום (חמישי) לסגור את תיק החקירה באחד האירועים היותר מעוררי מחלוקת ממבצע צוק איתן, בו נהרגו ארבעה ילדים בחוף הים של עזה. 
הפצ"ר שהורה בעבר על פתיחה בחקירת מצ"ח לבירור נסיבות מותם של הארבעה הודיע הערב כי חקירת המצ"ח הושלמה לאחרונה, ולאחר שבחן את ממצאיה, החליט על סגירת תיק החקירה, בהיעדר חשד לביצוע עבירה פלילית על-ידי חיילי צה"ל. 
בחקירה התברר כי האירוע התרחש באזור שהיה מוכר זמן רב כמתחם של המשטרה הימית והכוח הימי של חמאס. על רקע התובנה המודיעינית שנאספה, הוערך כי מדובר בפעילי הכוח הימי של חמאס, אשר הגיעו למתחם לשם היערכות לביצוע פעילות לחימה נגד צה"ל. בשום שלב של האירוע לא זוהו הדמויות כילדים. 

החקירה מגוללת כי באותם רגעים דרמטיים הוחלט לתקוף את הדמויות שזוהו במתחם, לאחר שהתקבלו כלל האישורים הנדרשים לתקיפה ונערך וידוא שאין באזור אזרחים. כשנכנסה אחת מהדמויות שזוהו לשרידי המכולה שהותקפה ביום שקדם לאירוע, נורה טיל אחד מן האוויר לעבר המכולה והסככה הצמודה אליה. כתוצאה מירי זה, ככל הנראה, נפגעה אחת הדמויות שזוהו. 
לאחר הירי, החלו יתר הדמויות לרוץ לכיוון היציאה מהמתחם. בסמוך לפני יציאתן מהמתחם, נורה לעברן טיל נוסף מן האוויר, אשר פגע בהן. לאחר האירוע התברר, כי כתוצאה מהתקיפות נהרגו ארבעה ילדים שנכנסו למתחם המדובר מסיבה שאינה ברורה. 
מן החקירה עלה, כי לא היה באפשרותם של הגורמים שהיו מעורבים בתקיפה לזהות את הדמויות שנצפו באמצעות אמצעי התצפית האווירי כילדים. הפצ"ר סבר כי הגורמים המוסמכים כיוונו את התקיפה נגד דמויות שהוערך שהן פעילי הכוח הימי של חמאס שהתכנסו לשם היערכות לביצוע פעילות לחימה נגד צה"ל. 
הפצ"ר מצא כי שיקול דעתם של כלל המפקדים שהיו מעורבים באירוע לא היה בלתי-סביר בנסיבות העניין. זאת למרות שבדיעבד התברר כי ההערכה שהדמויות שזוהו הינן פעילי הכוח הימי של החמאס, התבררה כשגויה. בשל כך החליט הפצ"ר על סגירת תיק החקירה ללא נקיטה בצעדים משפטיים, פליליים או משמעתיים, נגד המעורבים באירוע. 
לצד זה הפרקליטות הצבאית ממשיכה לקבל תלונות הנוגעות להתרחשות לכאורה של אירועים חריגים במבצע. רבות מן התלונות מוגשות בשם פלסטינים תושבי רצועת עזה, או על-ידי ארגונים לא-ממשלתיים, ישראלים, פלסטינים, או בין-לאומיים. עד כה, הועברו לבירור על-ידי מנגנון הבירור המטכ"לי טענות ביחס לכ-190 אירועים. מתוכם, 105 אירועים כבר נבחנו והופנו לפצ"ר לשם קבלת החלטה. 

כתבי אישום נגד שלושה חיילי צה"ל

 
מתוך אירועים אלה, החליט הפצ"ר על פתיחה בחקירה פלילית של שבעה אירועים. חלק מן החקירות עדיין מתנהלות וחלקן הושלמו וממצאיהן מצויים בבחינה של הפצ"ר. ביחס לחלקן כבר התקבלה החלטת הפצ"ר. ביחס ל- 19 אירועים נוספים החליט הפצ"ר על סיום הטיפול ללא פתיחה בחקירה פלילית. 
עשרות אירועים נוספים עדיין מצויים בשלבי בדיקה שונים על ידי המנגנון וממצאיהם יועברו אל הפצ"ר בהמשך. בנוסף עד כה הורה הפצ"ר על פתיחה בחקירה פלילית ביחס ל- 15 אירועים, ללא צורך בבירור על-ידי מנגנון הבירור המטכ"לי. מתוך החקירות הפליליות הללו, החליט הפצ"ר על סגירתן של שתיים ללא נקיטה בצעדים פליליים או משמעתיים כלשהם. בעקבות חקירה פלילית אחרת, החליט הפצ"ר על הגשת כתבי אישום נגד שלושה חיילי צה"ל. יתר החקירות עדיין מתנהלות או שהושלמו וממצאיהן הועברו לבחינת הפצ"ר.
בין היתר החליט הפצ"ר על סגירת החקירה בדבר הטענה על מותם של 15 אנשים בתקיפת בניין אלסלאם בעיר עזה ב-15 ביולי. באירוע ניסו לחסל הכוחות את שעבאן דחדוח, מפקד בכיר, בדרג המקביל למג"ד, בארגון הטרור הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני, בעת ששהה במשרד בבניין אלסלאם. 
מהחקירה עלה כי התקיפה בוצעה בשעות הערב המאוחרות כאשר היה ידוע שהבניין משמש למשרדים ולכן לא יימצאו אזרחים בשעות אלה. כמו כן, התקיפה תוכננה כך שתיגרם פגיעה מקומית למבנה, באזור בו שהה יעד התקיפה. בפועל, כחצי שעה לאחר התקיפה, התמוטטו הקומות העליונות של הבניין באורח לא צפוי. כתוצאה מהתקיפה נהרג הפעיל הצבאי הבכיר, ונטען כי יחד עמו נהרגו 12 אזרחים נוספים, ברובם בני משפחות כילאני ודרבאס, אשר שהו בבניין. 
באחד האירועים בהם הורה הפצ"ר על פתיחת חקירה פלילית הוא אירוע בו נטען כי מצאו את מותם תשעה אנשים כתוצאה מפגיעה בבית קפה בחוף הים של ח'אן יונס ב-9 ביולי. הממצאים העובדתיים שנאספו על ידי המנגנון והוצגו לפצ"ר, ביססו יסוד סביר לחשד כי התקיפה בוצעה שלא בהתאם לכללים המחייבים את כוחות צה"ל. על כן הורה הפצ"ר על פתיחה בחקירת מצ"ח לבירור נסיבות האירוע. 
אירוע נוסף הוא אירוע בו נטען כי עצור תושב ג'וחר אלדיק, הוכה לאחר מעצרו על ידי כוחות צה"ל ללא הצדקה. בעקבות הטענות הורה הפצ"ר על פתיחה בחקירת מצ"ח לבירור נסיבות האירוע. גם על אירוע ירי של פגזי טנק על מרפאה, הורה הפצ"ר על פתיחת חקירה. מדובר במבנה מרפאה ממנו נורתה אש שהביאה למותו של קצין צה"ל ביום שקדם לאירוע.