בעוד במערכת הפוליטית עדיין נאבקים להעביר את חוק ההסדרה ללא הסעיף שמחיל אותו על מאחז עמונה, במערכת הביטחונית עוקבים אחר ההתפתחויות לקראת ה-25 בדצמבר - המועד אותו קבע בג"ץ כי יש לפנות את עמונה. בדרג המדיני נוטים להטיל את המשימה המורכבת בעיקר על המשטרה, אולם הפיקוד על האירוע יוטל על צה"ל כמו גם הטיפול במעגל השלישי, כלומר סגירת האזור לכניסה לבלתי מורשים.
"מבחינתנו, עד להודעה חדשה, אנחנו בהיערכות לפינוי עמונה", אמר היום (שני) גורם ביטחוני ל"מעריב אונליין". עוד אמר הגורם כי "הודענו לדרג המדיני מה נדרש לצורך ביצוע המשימה וכשנקבל פקודה היא תבוצע על הצד הטוב ביותר".
בשלב הראשון חתם מפקד פיקוד המרכז, האלוף רוני נומה, על צו המאפשר הקמת אתר קראוונים זמני לאכלוס מפונים במידה והיועץ המשפטי אכן יאשר את פינוי המשפחות לאתר הזמני. בשלב השני נערכים בצה"ל, במשטרת מחוז ש"י ובשב"כ לכל אירוע אפשרי. ניטור נעשה כבר כמה חודשים ולמערכת הביטחון יש מידע מודיעיני שנמצא כל הזמן בבחינת הגורמים.
כשבוע לפני מועד הפינוי צפוי מפקד פיקוד המרכז לחתום על צו המגדיר את היישוב עמונה וחלק גדול מהצירים המובילים ליישוב כשטח צבאי סגור. במעגל זה יפרסו חיילים ולא יאפשרו כניסה לבלתי מורשים. המטרה לדלל אוכלוסיה לקראת הפינוי. בשלב הבא יוצאו צווים מנהליים על ידי שר הביטחון אביגדור ליברמן, לכ-15 פעילים שבשב"כ ובמשטרה מעריכים כי יש בכוחם ליצור פרובוקציות בשטח כשהמטרה היא להרחיקם. ייתכן כי יוצאו צווי מעצר מנהליים כנגד מי שיעלה בהערכות מצב כמי שיוכל להפריע למערכת הביטחון לבצע את הפינוי באופן מסודר. "אנחנו עדיין מקווים שהפינוי יבוצע בהסכמה ונוכל לסיים את האירוע הזה ללא חריגים", אמר הגורם.
מי שאמור בשלב זה לבצע את הפינוי עצמו הם שוטרי מחוז ש"י, שוטרי יס"מ, בילוש וסיור שיולבשו במדים אחידים ויבצעו את הפינוי ללא נשקים על גופם וללא אלות. את הצירים יסייעו לסגור שוטרי תנועה אזרחיים וצבאיים יחד.