בחודשים אוקטובר 2016 עד יולי 2017 בדק משרד מבקר המדינה את הטיפול בחיילים הבודדים במהלך שירותם הצבאי ולאחר שחרורם מצה"ל. בין היתר נבדקו, פתרונות הדיור הניתנים לחיילים בודדים, תרומות לצה"ל לטובת חיילים בודדים, קשרי צה"ל עם עמותות המסייעות לחיילים הבודדים, והסיוע הניתן לחיילים בודדים לאחר שחרורם מצה"ל.
בדוח המבקר שפורסם היום (רביעי) נמצא כי פתרונות הדיור הצה"ליים לחיילים הבודדים אינם מספקים. רוב החיילים הבודדים אינם בוחרים בפתרונות הדיור הצה"ליים אלא מעדיפים קבלת השתתפות בשכר דירה, בשל הצורך שלהם בפרטיות במקום מגוריהם והפער שנוצר בין העדפות המגורים של החיילים לפתרונות הדיור המוצעים להם, הביא לכניסת עמותות המספקות לחיילים הבודדים, בעידוד צה"ל, פתרונות דיור אחרים. עם זאת, כותב המבקר, כי בשל מספרן הנמוך של הדירות המצויות ברשות העמותות, בשילוב תנאי הסף שהעמותות מציבות כתנאי למגורים בדירותיהן (כגון חיילים לוחמים, חיילים המשרתים ביחידה מסוימת או חיילים המגיעים מרקע מסוים), לא ניתן לספק לכלל החיילים הבודדים המעוניינים בכך פתרון דיור כזה. "לא נערכה באכ"א עד מועד סיום הביקורת עבודת מטה סדורה הבוחנת את הפערים, את הצרכים התקציביים ואת איכותם של פתרונות הדיור שמספק צה"ל לחיילים הבודדים", אומר המבקר.
בכל הנוגע לעצם הקשר בין צה"ל לבין עמותות וארגונים המסייעים לחיילים בודדים, מוצא המבקר כי קשרי צבא - עמותות מתקיימים במקרים רבים בניגוד לפקודות. "גורמים בצה"ל ובהם מפקדים וסגלי ת"ש, מנהלים שיח ושיתוף פעולה ישיר עם עמותות וארגונים המסייעים לחיילים בודדים ואף מפנים חיילים בודדים לטיפולם. סיוע זה ניתן לחיילים הבודדים במישרין מאותם עמותות וארגונים ומשום כך מנוגד לפקודות ולהנחיות הרלוונטיות בצה"ל", כותב המבקר ומוסיף: "ההנחיה שמורה כי כלל התרומות עבור צה"ל יתקבלו באמצעות "יחד למען החייל", שהינו הגוף היחידי באמצעותו ניתן לקבל תרומות בצה"ל, למעשה אינה ניתנת ליישום גורף על כל צורות ההענקה של הטבה או טובת הנאה בעלת ערך כלכלי שמקבלים החיילים הבודדים מהעמותות. חמור במיוחד הוא מצבם של חיילים בודדים חסרי עורף משפחתי בישראל הנאלצים לפנות בתדירות רבה יותר לסיוע הצבא משום שבעמותות ישנה קדימות בסיוע לחיילים בודדים מתוקף עלייתם מחו"ל.
בכל הנוגע לסיוע לחיילים בודדים בקליטתם באזרחות מוצא דוח המבקר כשלים רבים עוד יותר ביניהם ניתן למנות: שיעורי השתתפות נמוכים בסדנאות הכנה לשחרור, הדרכה אישית לחיילים בודדים שאינה מוסדרת וסיוע לא מספק לחיילים בודדים ששוחררו מצה"ל זמנית בשל סיבות רפואיות. את המענים החסרים בצה"ל לא מקבלים החיילים הבודדים גם ממשרד הביטחון והמבקר קובע כי סיוע משרד הביטחון לחיילים בודדים לאחר שחרורם מצה"ל אינו עונה על צרכיהם. רק כ-15% מהחיילים הבודדים המשוחררים משתמשים בהטבת הלינה בבית החייל והסיוע בשכר דירה וברכישת ציוד לדירה ניתן בשיטת "כל הקודם זוכה" ולכן לא הספיק לכלל החיילים הבודדים שהיו זכאים לקבלו בהיעדר תקציב ייעודי למטרה. הדוח מותח ביקורת גם על הממשלה ככלל על היעדר תכנית עבודה בין-משרדית לקליטת חיילים בודדים משוחררים בחברה.
דוח מבקר המדינה מציין עוד כי למרות מחקר מקיף שביצעה כבר במאי 2010 מחלקת מדעי ההתנהגות בצה"ל בקרב חיילים בודדים אשר בסיכומו צוין כי "מומלץ לקיים בחינה כלכלית מקיפה של צרכים סבירים המספיקים לקיום של החייל הבודד, ומתוך כך לגזור מדיניות פעולה". אגף כח אדם בצה"ל לא מימש את ההמלצה. מסקר שערך משרד מבקר המדינה בקרב חיילים בודדים הצהירו 32% מהם על שביעות רצון בינונית מהטיפול בהם בצה"ל ו-25% על שביעות רצון נמוכה.