ארכיון צה"ל במשרד הביטחון, המציין בימים אלה 70 שנה להיווסדותו, חושף לראשונה - במלאות 19 שנה למציאתה של הצוללת אח"י דקר ובמלאות 50 שנה לטביעתה - סרט נדיר של צילום תת ימי מרגעי גילוי הצוללת ב-28 במאי 1999. בסרט ניתן לראות את שרידי הצוללת בקרקעית הים ואת אנשי צוות הבקרה הישראלים ואמריקאים צופים מבעד מסכים בשרידי הצוללת ובהוצאתה מהמים.
בנוסף, מפרסם ארכיון צה"ל במשרד הביטחון לראשונה קלטת ובה נשמע שר הביטחון דאז, משה דיין, מסביר למשפחותיהם של אנשי הצוות כי אח"י דקר ואנשי הצוות שהיו על הסיפון הוכרזו כנעדרים ולא הוכרזו כאבודים. בהקלטה ההיסטורית מתאריך 4.2.68, כשבועיים לאחר שנותק הקשר עם הצוות, נשמע שר הביטחון דאז משה דיין בעת ששוחח עם בני משפחות הצוות שהיה על הסיפון. בהקלטה הגיב דיין לטענות שצה"ל מסתיר מידע מהמשפחות ומהציבור.
"אין לנו שום דבר שאנחנו יודעים ואתם אינכם יודעים. אין שום דבר שאנחנו מסתירים", אמר דיין והוסיף כי "כל המקרה של דקר הוא בשבילנו תעלומה שאיננו יודעים עליה שום דבר". עוד אמר ש"כאשר מישהו נופל בקרב - אם זה בים, ביבשה או באוויר ואנחנו יודעים שהוא נפל ומת, הולכים למשפחתו ואומרים זאת". כמו כן, הסביר דיין במהלך השיחה עם בני המשפחות כי משמעות ההגדרה של הביטוי "נעדר", כמו בכל צבאות העולם היא כאשר "חיילים לא חזרו או נעלמו לתקופה מסוימת". והוסיף כי "לפי כל ההנחות שאנחנו יכולים להניח - הצוללת דקר איננה יכולה להיות עכשיו עוד על אנשיה בחיים. אבל אין לנו שמץ של ידיעה עובדתית ולכן הצוללת והחיילים מוגדרים לעת עתה נעדרים ולא אבודים".
עם זאת, במהלך השיחה הדגיש דיין כי במערכת הביטחון לא איבדו תקווה למציאת צוות הצוללות. "ייתכן שכעבור זמן יתגלה איזשהו דבר שלא צפינו אותו, איזשהו נס. אנחנו רוצים לתת לזמן לתקופת זמן מסוימת לעבור, שמא בתקופת הזמן המסוימת הזאת יתברר או משהו עובדתי שללי. או שמא יתרחש נס".
מסמך נוסף אשר נחשף לראשונה הוא פקודת היום של מפקד חיל הים, האלוף שלמה אראל, בעקבות אבדן הצוללת אח"י דקר וצוותה ב- 7.3.1968, כשישה שבעות לאחר אבדן הצוללת. בפקודה כתב אלוף אראל: "אח"י דקר וצוותה היו בשיא כושרם. יש לנו אמון מלא בניסיון, בתושייה, בידע המקצועי ואומץ הלב של המפקד ואנשי צוותו ואין לנו ספק בכך שמה שארע לאח"י דקר היה מעל לכוחו של צוות הצוללת למנוע".
עוד הוסיף אלוף אראל: "היום אנו מרכינים את דגלנו ביגון ובגאווה לזכרם של שישים ותשעה אנשי הצוות של אח"י דקר, מבחירי הימאים והצוללנים ופאר הנוער הישראלי". כמו כן, הדגיש אלוף אראל כי חיל הים נטל על עצמו משימה חיונית וקשה למען ביטחון ישראל: "תפקידנו לכבוש את הים ולהבטיח שיהיה חופשי לדגל הישראלי. זהו שירות רב סכנות ואתגר. אנו עומדים אל מול האויב ואל מול הים שהוא גבולנו הפתוח היחידי והים תובע ולוקח את קורבנותיו. האבדות מחשלות ומגבשות אותנו. הקורבנות תובעים מאתנו להמשיך במשימה ממקום בו הם נעצרו. על אף גודל האסון וכובד המהלומה, הוכחתם כושר עמידה, בגרות ואחוות לוחמים".
כמו כן, התייחס אלוף אראל בפקודת היום גם לבני המשפחות השכולות: "אנו נפעמים מאומץ ליבם ונושאים בלבנו את יגונם ומבטיח כי נעשה כל אשר לאל ידינו להקל על כאבם". לבסוף, חתם את פקודת היום במילים הבאות: "חיילי חיל הים, זכר הנופלים לא ימוש מאתנו ויהא נר לרגלנו כאשר פנינו אל העתיד, מלוכדים ומאוחדים למשימה הגדולה והכבדה של הבטחת ריבונות ישראל על פני הימים, חרף כל מחיר וכל קורבן. חזקו ואמצו".
נוסף על כך, גם המסמך המקורי ממנו הוקרא נוסח ה"יזכור" שנכתב ב-7.3.1968, לזכר 69 חללי הצוללת, נחשף לראשונה על ידי ארכיון צה"ל במשרד הביטחון. במסמך נכתב, בין היתר, כי "חללי הצוללת דקר שנספו כגיבורים במצולות ים בחותרתם להגיע אל חופי הארץ, להשתלב במערכות הביטחון של ישראל".