על פי הערכות, המפגש הראשוני בין כוחות חיל הים לבין ראשוני הספינות צפוי ביממה הקרובה. על פי התוכניות, מפקדי ספינות חיל הים יכריזו ברשת הקשר הימית לקברניטי ספינות המשט כי הם נכנסים לשטח ימי ריבוני של מדינת ישראל, וידרשו מהספינות להסתובב ולשוב לנמלי המוצא.
במידה שלא יעמדו בדרישות חיל הים, יוזנקו לעבר הספינות סירות של הקומנדו הימי, ולוחמי שייטת 13 יעלו על סיפוני ספינות המשט ויעצרו את הפעילים. הם יועברו לאחת משתי הנחתות של חיל הים, שם נמצאים לצד לוחמי חיל הים גם לוחמי יחידת מצדה של שירות בתי הסוהר. הנחתות אמורות להוביל את מאות העצורים לנמל אשדוד, כאשר בישראל מתכוונים לבצע הליך מהיר של גירוש כל אחד מהפעילים למדינות המוצא שלהם.
התרעות פיקוד העורף