כבר עתה עולות שאלות קשות מהן עולה תמונה קשה שבה צה"ל כשל מבצעית וערכית באירוע. עד שעה זאת כיממה לאחר האירוע משטרת מחוז ש"י לא עצרה את החשודים במעשה. בצה"ל לא יודעים להסביר מדוע למרות שההלוויה תואמה מראש, הכח שאיבטח את האירוע לא מנע את מעשי המתנחלים, ומדוע נשלח כח בפיקוד קצין מפקד פלוגה ולא דרג בכיר כמו מח"ט שומרון לטפל באירוע.
על פי גירסת צה"ל מהשעה האחרונה עולה התמונה הבאה: "אמש, בשעות הצהרים המוקדמות עלתה לגורמי הביטחון בקשה לתיאום קבורה בבית הקברות של חמולת עצאצא הסמוך ליישוב שא-נור. בית הקברות מצוי על אדמות פלסטיניות פרטיות, מחוץ וסמוך לשטח השיפוט של היישוב. זמן קצר לאחר מכן, התקבל אישור מגורמים בצה"ל לקיום ההלוויה, שהתקיימה זמן קצר מקבלת האישור. יודגש כי כוח צה"ל שהה בסמוך למרחב בזמן הלוויה", אמרו בהודעה רשמית של צה"ל.
עוד טוענים בצה"ל כי כשעה לאחר הלוויה, זיהו בני משפחת הנפטר נסיונות חפירה במרחב בית הקברות. הם הגיעו למקום, ושם לטענתם, תוך כדי חפירת המתנחלים בקרקע נשמעו צעקות מצד המתנחלים על כך שיש "להעיף את הגופה מהקבר". על פי צה"ל "כוח שהיה בסמוך למקום, זיהה את האירוע, קפץ לנקודה והחרים את כלי החפירה לאזרחים הישראלים". בצה"ל מודים כי הכח לא פעל לעצור את החשודים במעשה.
על פי גירסת צה"ל "הפלסטינים שוחחו עם גורמי הביטחון מולם עמדו בקשר על איומי האזרחים הישראלים ודרישתם להוצאת הגופה, והובהר להם כי אין כל סיבה להוציא את הגופה מהקבר וכי הכוח מאבטח את המרחב". בצה"ל טוענים כי לפי הפלסטינים, למרות ההבהרה שהתקבלה מגורמי הביטחון - לאור איומי האזרחים הישראלים במרחב והחשש לביזוי כבוד המת. "החליטה המשפחה להוציא את הגופה מהקבר ולהעתיק את מקום הקבורה לכפר פנדוקומיה הסמוך".
עוד טוענים בצה"ל כי משיח שניהלו קציני המנהל האזרחי עם בני משפחת הנפטר וראשי הכפר הובהר כי כוח צה"ל שנכח במרחב לא ביקש מהם בשום שלב להוציא את הגופה, אלא שמר על קו אבטחה במרחב למנוע חיכוך, והמשיך את אבטחת פינוי הגופה. כאמור גם על פי הגירסה של צה"ל על פניו דרך הטיפול וההערכות של אוגדת איו"ש וחטיבת שומרון באירוע מעוררת שאלות ערכיות קשות במיוחד. גורמים בצה"ל אומרים כי תחקיר האירוע מתבצע וטרם הושלם.
התרעות פיקוד העורף