גורמים בבית הנשיא הגיבו אמש בזעם על ניסיונות הליכוד להשוות בין הוצאות מעון ראש הממשלה לבין הוצאות בית הנשיא. בבית הנשיא הדגישו כי אין כל מקום להשוואה כזאת, משום שבית הנשיא, להבדיל מבית ראש הממשלה, הוא המוקד לפעילות הנשיאותית. לדברי הגורמים, אם רוצים לערוך השוואה, יש להשוות את הוצאות בית הנשיא להוצאות משרד ראש הממשלה, ולא להוצאות הדירה ברחוב בלפור.
"הדוח אומנם עוסק בתקופת נשיאותו של שמעון פרס, אבל מדובר פה בנושא עקרוני״, אמר אחד הגורמים. ״בית הנשיא הוא מוקד לפעילות כל ימות השנה, מארח טקסים ואירועים ממלכתיים, בהשתתפות אורחים מהארץ ומחו״ל. הוא המוקד לפעילות הנשיא וימשיך להיות כזה גם בתקופת נשיאותו של ראובן ריבלין. הניסיון להשוות את הוצאות בית הנשיא להוצאות בית ראש הממשלה הוא על כן, לא במקום״.
בלי קשר להשוואות שערכו בליכוד, גם בית הנשיא ספג אתמול ביקורת ממשרד מבקר המדינה יוסף שפירא: בדוח שפורסם בנושא, ועסק בתקופת כהונתו של הנשיא הקודם שמעון פרס, כתב המבקר כי ״נמצאו ליקויים בפעולותיו של בית הנשיא, בעיקר בתחומי ניהול כוח אדם, כספים, רכש, תכנון העבודה והתקציב״. המבקר הוסיף כי חלק מהליקויים עליהם הצביע הפעם, כבר עלו בדוחות קודמים וטרם תוקנו.
בחלק הנוגע למנהל ולכספים בבית הנשיא קובע המבקר כי נמצאו ליקויים ביחס לפעולות יסודיות להסדרת תחום הרכש. כמו כן, אף כי הוצגה טיוטת נוהל וליקויים שעלו בדוח ביקורת הפנים על הרכש, לא קודם ההליך להשלמת הנוהל.
בסעיף המתייחס לניהול ולמשאבי אנוש מציין המבקר כי אחרי הדוח הקודם, גיבש בית הנשיא תקן למבנה הארגוני של הבית, וכן מדרג משרות לעובדי בית הנשיא. אולם, בדומה למצב בדוח הקודם, ״לא נבחנו המטרות והיעדים במבנה המוצע ולא הוגדרו התפוקות הצפויות״. המבקר חזר והעיר כי יש לגבש את התקן בהתאם לצורכי בית הנשיא ולא בהתאם לזהות העובדים המשובצים במשרות.
נקודה נוספת שזכתה להתייחסות ולביקורת היא משרות האמון בבית הנשיא: על פי הדוח, בבית הועסקו לא פחות מ-14 עובדים במשרות כאלה. המבקר קבע כי ״לא נמצא כי נעשתה בחינת צרכים לצורך העסקתם של נושאי משרות אמון אלה״. הדוח כולל התייחסות גם לוועידת הנשיאים. המבקר קבע בשעתו כי ״מן הראוי שהוועידה, בהיותה אירוע ממלכתי, תמומן על ידי תקציב המדינה ולא באמצעות תרומות״. בניגוד להערות המבקר נמצא כי הוועידות מומנו על ידי תרומות והובא מצג לפיו האוניברסיטה העברית היא הגוף אשר באמצעותו הוכנה הוועידה והתקיימה, אף כי בפועל המצב לא היה כך.
מלשכת פרס נמסר בתגובה: ״אנו מברכים על עבודת מבקר המדינה אשר יש בה כדי להביא לייעול תהליכי העבודה בבית הנשיא. כפי שעולה מהדוח, במהלך כהונת הנשיא התשיעי נעשתה בבית הנשיא עבודה משמעותית ומקיפה מאוד לשיפור וייעול בתחומי המנהל השונים, ובעקבות דוח המבקר הקודם אף תוקנו רוב רובם של הליקויים עליהם הצביע. הנהלת בית הנשיא בתקופת כהונת הנשיא התשיעי ייחסה חשיבות רבה לבחינת הערות מבקר המדינה והובילה, יחד עם גורמי המקצוע השונים, תהליכי עומק שנועדו להביא לשיפור ולייעול בכל נושאי המנהל. מאמצים אלה אף מצאו ביטוי בדוח מבקר המדינה, ואנו מברכים על כך״.