סולחה בין בנט לעובדי משרד החוץ. שר החינוך נפתלי בנט זימן היום (ראשון) את יו״ר ועד עובדי משרד החוץ, השגריר חנן גודר, ללשכתו והשניים שוחחו בנושאי משרד החוץ. השר הבהיר בשיחה כי לא התכוון לפגוע בעובדי המשרד המסורים. גודר הודה לו על הרוח הטובה בה התנהלו הדברים: "ועד עובדי משרד החוץ ימשיך לפעול ללא לאות למען עובדיו בישראל ובעולם. בזאת ההנחייה לעובדי המשרד לנתק את קשר עם השר בנט הוסרה".
הפגישה בין השניים נולדה במקרה, לאחר שגודר יצא מראיון בערוץ הכנסת בנושא וראה את השר בנט. ביקש מהשר בנט להיפגש בארבע עיניים. השר נענה לבקשתו ושמח לשמוע שהוא מוקיע את אלון ליאל כהרסני לישראל. בנט הבהיר שכוונתו הייתה רק לגבי מספר דמויות הפוגעות בישראל, ולא במכלול עובדי משרד החוץ המסורים. גודר הזמין את השר לביקור במשרד החוץ להתרשם מכל הפעולות שלהם.
העימות בין שר החינוך לעובדי משרד החוץ החל בעקבות דבריו בראיון לרדיו תל אביב בו אמר בנט ש"אני מתחיל לחשוב אולי שיש בעיה ב-DNA של משרד החוץ. כל הזמן מתלוננים על משרד החוץ. אם אנשים כמו אלון ליאל שהו במשך מספיק זמן במשרד החוץ יש שם בעיית עומק. שואלים איפה ההסברה? איזו הסברה. כשהפירומן מספר אחד עומד בראש המערכת אז איזו הסברה. הוא יסביר את ישראל? מי תוקע לי כף שהוא לא עשה כאלה דברים גם במהלך כהונתו?".
בתגובה אמרו עובדי המשרד, כי "שר החינוך התבטא באופן מעוות כנגד עובדי משרד החוץ. משמעותה של דרישתו שעובדי המשרד יעברו בדיקת ד.נ.א. מטילה ספק בנאמנות העובדים למדינה, למוסדותיה ולממשלתה".
"ההתבטאויות המקוממות של גימלאים יחידים, יוצאי משרד החוץ, אינן מהוות תירוץ להשתלחות חסרת רסן של שר בממשלת ישראל בעובדים המסורים של משרד החוץ. אנו רואים בחומרה רבה את הדברים ועל כן מנחים את כל עובדי משרד החוץ שלא לשתף פעולה עם השר בנט עד לקבלת הבהרת דבריו והתנצלותו״, סיכמו בוועד עובדי המשרד, כשהשר שעומד בראשו הוא ראש הממשלה בנימין נתניהו.
בעקבות העימות התפתח הבוקר ויכוח בישיבת הממשלה נתניהו לבנט. בפתח הישיבה, בחלק שעסק בנושא, נזף בנט בנתניהו על הטיפול שלו בפרשה ואמר לו: "כך לא מקדמים משילות". אז התערב ח"כ זאב אלקין ואמר לבנט: "נפתלי, ההערה שלך לא הייתה במקום, טוב שתיקנת, אבל גם ההתנהגות של ועד עובדי משרד החוץ לא במקום". בנט המשיך ותקף את רה"מ ואמר לו: "ראש הממשלה, מה הפעולות שנקטת בעניין התבטאות הוועד?".
נתניהו ענה כי "אני לא שמעתי על זה", דבר שרק הוציא את בנט מהכלים: "מעניין באיזו מהירות שמעת על ההתבטאות ברדיו אזורי ביום שישי, ופה המידע לא הגיע אליך". נתניהו ענה: "תראה, אני לא שמעתי על הדבר הזה". שר החינוך לא נרגע ותקף את נתניהו: "אתה חושש לנהל את האנשים במשרד החוץ. זו שאלת משילות - אם עובדים מנהלים אותך או אתה אותם".