מיד עם סיומם של החגים, ב-27 לאוקטובר, יכנס משרד החוץ את ועדת המינויים העליונה על מנת לבחור את שגריר ישראל בטורקיה. מינוי השגריר הטורקי לישראל יתבצע במקביל ובכך יושלם הסכם הפיוס בין המדינות. בתחילת השבוע אמר אברהים קאלין, דוברו של נשיא טורקיה רג'יפ טאיפ ארדואן כי ישראל וטורקיה יחליפו ביניהן שגרירים בקרוב.
בסוף חודש ספטמבר דיווחה רשת CNN בטורקיה כי גורמים במשרד החוץ הטורקי אישרו כי הכסף, שהוחלט שיועבר על ידי ישראל למשפחות ההרוגים ממשט המרמרה הועבר לחשבון של משרד המשפטים באנקרה. כזכור, במסגרת ההסכם בין שתי המדינות ישראל תשלם 20 מיליון דולר לקרן הומניטארית טורקית עבור פיצויים למשפחות ההרוגים והפצועים מההשתלטות על הספינה וטורקיה תבטל את התביעות נגד קציני צה"ל וחייליו שמתנהלות בבית משפט באיסטנבול.
כמו כן הוחלט במסגרת ההסכם כי ישראל וטורקיה יחזרו ליחסי נורמליזציה מלאים - לרבות החלפת שגרירים, ביקורים הדדיים, התחייבות לא לפעול זו נגד זו בארגונים בינלאומיים ושיתוף פעולה ביטחוני ומודיעיני.
תפנית ראשונה במצב חלה ב-2013 כשבסיום ביקורו של נשיא ארצות הברית, ברק אובמה, בישראל שוחחו ראש הממשלה, בנימין נתניהו, וארדואן שכיהן אז כראש ממשלת טורקיה, במהלכה התנצל נתניהו על "הטעויות המבצעיות שהיו באירוע הפשיטה". מלשכת ראש הממשלה נמסר אז כי נתניהו וארדואן סיכמו על "השבת הנורמליזציה ביחסים בין המדינות".