את החקירה ינהל צוות בכיר של חוקרים בראשות ראש היחידה הארצית לחקירות הונאה (יאח"ה) בלהב 433, תת ניצב כורש בר נור, וכן החוקרים הבכירים, ניצב משנה ערן קמין וסגן ניצב יורם נאמן.
יש לציין כי היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, אישר כבר בשבוע שעבר לחקור את נתניהו, תוך שהוא מורה להמשיך ולשמור על איפול כבד על החשדות ועל פרטי החקירה. מנדלבליט טרם פרסם הודעה רשמית על מעבר משלב של בדיקה לחקירה וככל הנראה יעשה זאת רק לאחר החקירה שתתבצע במעון ראש הממשלה. גם בהודעה זו לא צפוי מנדלבליט לחשוף פרטים רבים וסביר להניח שהיא תנוסח באיפוק ובזהירות מרביים.
ככל הידוע, מנדלבליט אישר לניצב יצחקי, המפקח על החקירה כולה, לחקור את ראש הממשלה בהקשר לשתי פרשיות: האחת מצויה תחת מעטה כבד של סודיות והיא קשורה ככל הנראה לדמות בכירה המקורבת לראש הממשלה, אשר סיפקה מידע רב לחוקרים במסגרת הבדיקה, וכן לסוגיה הקשורה לכספים שקיבלו, לכאורה, בני הזוג נתניהו אל חשבונות הבנק של בני המשפחה או אל חשבונות הבנק של גורמים אחרים. על פי החשד, כספים אלו הועברו לשימוש בני משפחת נתניהו.
חשד נוסף מיוחס לנתניהו ולבנו יאיר, והוא עוסק בקבלת מתנות בהיקפים לא מבוטלים, בניגוד לתקשי"ר ולהוראות נציבות שירות המדינה. החוקרים מייחסים לנתניהו עבירות של קבלת טובות הנאה וכן מרמה והפרת אמונים, אולם בסעיף החשדות לא נכללה עבירה של קבלת שוחד. עוד עולה כי בידי החוקרים נאספו עדויות ומידע רב, לרבות ראיות לכאורה המחזקות את החשדות, מה שעשוי לקצר את משך החקירה.
החוקרים מנסים עתה לגייס עד מדינה לפחות באחת משתי הפרשות הנחקרות. זאת משום שבידיהם עדויות של מקורבים לנתניהו, אחד מהם לפחות קרוב ביותר למשפחה, שכאמור מסר פרטים שסייעו רבות לקידום החקירה ולביסוס הראיות.