למינוי יש משמעות רחבה בהרבה מאיוש עוד תפקיד בכיר. נציב שירות המדינה הוא אחד משומרי הסף המרכזיים בממשלה: הוא משפיע על מינויים בכירים, מכרזים, משמעת, השעיות, תקנון שירות המדינה ואישור מינויים של מנכ"לים ובכירים נוספים. בתפקיד הזה נקבעים כללי העבודה של השירות הציבורי, שדרת הניהול של המדינה ומידת העצמאות של הדרג המקצועי מול השרים.
גם ארגוני "בג"ץ המנכ"ליות" - שדולת הנשים, נעמת ופורום דבורה - הודיעו כי יעתרו נגד המינוי. לטענתם, מדובר בהפרה של הנוהל המחייב לקידום ייצוג שוויוני: איתור אקטיבי של מועמדות, בחינה של לפחות שתי נשים ומתן משקל ממשי לייצוג הולם. לדבריהם, ממשלה שאינה מיישמת את הכללים דווקא במינוי של מי שאמור לעמוד בראש שירות המדינה משדרת שהנוהל הוא המלצה, לא חובה.
הארגונים הדגישו כי ב-78 שנות המדינה מעולם לא מונתה אישה לנציבת שירות המדינה. "דווקא במינוי מהחשובים והמשפיעים ביותר בשירות הציבורי, זו הייתה יכולה להיות הזדמנות היסטורית לתיקון", מסרו. לדבריהם, מדובר בתפקיד שאחראי על כ-80 אלף עובדות ועובדים בשירות המדינה, כ-60% מהם נשים, אך שוב אויש על ידי גבר וללא מאמץ מספק לאיתור מועמדות.
כעת, לאחר האישור, הכדור עובר לזירה המשפטית והציבורית. העתירה הצפויה לבג"ץ עשויה לעכב את כניסתו של כהן לתפקיד. גם הסדר ניגוד העניינים שלו עדיין נדרש להשלמה, ולכן מועד הכניסה לתפקיד אינו סופי לחלוטין.
במקביל, כהן ייבחן מהרגע הראשון על שאלת העצמאות המקצועית שלו: האם ינהל את נציבות שירות המדינה כגוף עצמאי מול הדרג הפוליטי, או שייתפס כחלק מגל מינויים שנועד לחזק את אחיזת הממשלה במנגנון המדינה.