גורמי ביטחון צרפתיים חוששים מפיגועים נגד מטוסים שיבוצעו באמצעות עובדים מוסלמים קיצוניים של חברת אייר פראנס. העובדים כבר החלו להפגין את כוחם, אולם חברת התעופה מנסה להשתיק את התקריות הרבות שהתרחשו בתקופה האחרונה. השבועון "לה קנאר אנשנה" ציטט מקורות ביטחוניים ומודיעיניים שדיווחו על עשרות מקרים של ניסיונות חבלה והפחדה שבוצעו במטוסי החברה ובמתקניה. אייר פראנס עצמה מיהרה להכחיש ולטעון שמדובר בשמועות לא מבוססות: "שום נזק מכוון לא נתגלה בטיסה מסחרית של אייר פראנס". למרות זאת, באותו יום שבו פורסמה הכחשה גורפת לדברים התברר כי שני עובדים, המשתייכים לארגונים קיצוניים, תובעים את החברה וטוענים כי נאסר עליהם להיכנס לאזורים צבאיים מוגבלים.
אחד המקורות, איש שירותי המודיעין הצרפתי, טען בפני כתבי השבועון: "אובחנו תקלות רבות לפני יציאת טיסות רבות של אייר פראנס, ובהחלט אפשר להגדירן כניסיונות חבלה". אף על פי שחברת אייר פראנס הבטיחה כי היא משתפת פעולה עם שירותי הביטחון, מהדיווחים עולה בין היתר כי כמה מקברניטי המטוסים של החברה הבחינו כי המנוע בתא הטייס, השולט במנועי המטוס, אינו פועל באורח תקין.
כאשר נחקרו אותם מקרים, התברר כי בכל אותם המטוסים טיפל עובד אחד בחברה, איסלאמיסט קיצוני שעזב לתימן ולא שב לצרפת. שניים ממקורביו של אותו עובד גרמו נזקים לכאורה למתקני חילוץ הנוסעים, והועברו לתפקידים רגישים פחות.
הדיווחים נוגעים לבעיות ולתקלות שונות. זכור במיוחד אירוע שבו נעלם שמה של ישראל מתוכנת מעקב הטיסה בין לוס אנג'לס לתל אביב, והוחלף ב"רצועת עזה". חקירת אותו אירוע העלתה כי האחראי למחדל עבד בחברה שסיפקה את התוכנות למסכים. גם באירוע הזה, טוענים גורמים רבים, הושתקה הפרשה.
מקור ביטחוני הזהיר: "אם הם מסוגלים לשנות את התוכנה הזאת, הם יוכלו לעשות זאת עם כל תוכנה אחרת". במקרה נוסף קברניט סירב להמריא עם מטוסו משדה התעופה שארל דה גול לאחר שגילה כתובות "אללה אכבר" ששורבטו על פתחי התדלוק. באותו שדה התעופה סירב עובד מוסלמי לכוון מטוס שנחת למנחת שלו משום שהטיסה אותו קברניטה.
צריך לציין כי הבעיה מחריפה כאשר מדובר בכלל עובדי שדה התעופה שארל דה גול, המונים כ־90 אלף אנשים – מספר שקשה לפקח עליו מבחינה ביטחונית. רק לאחרונה שלל מפקד משטרת השדה לא פחות מ־73 תגי כניסה מאנשים שנחשדו כמחבלים פוטנציאלים.