לאחר שכבר האשים את ישראל, הגיע עכשיו "שלב ההוכחות" של ארגון החמאס, וביסוס טענותיו לפיהן ישראל היא זאת שהתנקשה באחד מהמוחות הגדולים של הארגון, מוחמד א-זווארי, אחד מראשי תוכנית המל"טים. ההתנקשות אירעה בחודש דצמבר האחרון, וגרמה לזעזוע בארגון, שרצה להמשיך ולפתח את אחת מהנקודות החשובות מבחינתם לקראת העימות הבא.
מנהיג חמאס, מוחמד נזאל, אשר היה זה שהוביל את מסיבת העיתונאים, תקף ואמר: "המוסד עומד מאחורי ההתנקשות בחייו של הקדוש המעונה מוחמד א-זווארי. הוא עקב אחריו בקפדנות במשך ארבעה חודשים לפני הרצח. התכנון והביצוע של ההתנקשות בזווארי נעשתה בעזרת לוגיסטיקה שהתקבלה מגופים אחרים והיה מי שעזר למתנקשים". בעבר האשימה ממשלת תוניסיה כי לפי הראיות המצטברות, ארגון זר עומד מאחורי חיסול איש החמאס.
על פי עדויות והראיות שמשטרת תוניסיה מצאה בזירת הרצח, ומהחקירה הראשונית עלה כי מדובר במבצע רועש וכי המבצעים לא פעלו במקצועיות ובדקדקנות המאפיינים את מבצעי ההתנקשות שיוחסו בעבר למוסד כגון אלה שייועדו נגד מדעני גרעין איראניים בטהרן, בכירים בחיזבאללה ובראשם "שר הביטחון של הארגון" עמאד מורנייה בדמשק ואפילו חיסולו של מחמוד מבחוח בדובאי.
למשל, הצילומים שלאחר הרצח מראים כי המתנקשים "ריססו" את מכוניתו של א-זווארי בכדורים רבים, דבר שלא אפיין את ההתנקשויות הקודמות המיוחסות למוסד. בשנים האחרונות שיטת החיסול המועדפת שיוחסה לארגון הייתה הצמדת פצצות לכלי הרכב של היעדים או הטמנתן והפעלתן באמצעות מנגנון השהיה או בשלט רחוק, אפילו מכלי טיס. ירי ישיר בעזרת אקדחים עם משתיקי קול מטווח קצר אפיינו את המבצעים שיוחסו למוסד בשנות ה-70, והפעם האחרונה שהיה שימוש בשיטה זו הייתה ב-1995 במלטה, בחיסולו של מנהיג הג'יהאד האסלאמי פתחי שקאקי.
א-זווארי עזב את תוניסה לפי הדיווחים ב-1991, בעקבות זיהויו עם תנועת האחים המוסלמים. הוא הגיע לדמשק, והיה ככל הנראה מקורב למפקדת החמאס ששהתה באותו זמן בסוריה. לאחר המהפכה במולדתו, הוא שב אליה ב-2011 ועסק בעיקר בהדרכה להטסת טיסנים וכלי טיס זעירים ללא טייס. פעילות זאת, למרות שחמאס עושה בה שימוש, לא נחשבת מסוכנת במיוחד לישראל. כזכור, גופתו של א-זווארי, מהנדס תעופה תוניסאי, נמצאה כשהיא מנוקבת בכדורים מוטלת במכוניתו בעיר ספקס שבדרום תוניסיה. בעבר פורסמו גם סימנים שמטילים ספק שאכן מדובר בחיסול שאפשר לייחסו לארגון הביון הישראלי.
גדודי עז א-דין אל קסאם, הזרוע הצבאית של החמא"ס, הודיעו כי המהנדס מוחמד א-זווארי, שחוסל בתוניסיה, הוא אחד מאנשיהם ואמרו כי "יד הבוגדנות הציונית" אחראית להתנקשות. בהודעה נאמר כי "זווארי היה אחד המנהיגים שפיקחו על פרוייקט המל"טים 'אבביל'", כמו כן, בחמאס הגדירו את א-זווארי כ-"שאהיד, מהנדס ומנהיג של האומה האסלאמית", והוסיפו כי הוא הצטרף לגדודי אל קסאם לפני 10 שנים "כמו רבים מבני האומה האסלאמית, שמטרתם הייתה פלסטין, ירושלים ואל אקצא".
על פי עדויות והראיות שמשטרת תוניסיה מצאה בזירת הרצח, ומהחקירה הראשונית עלה כי מדובר במבצע רועש וכי המבצעים לא פעלו במקצועיות ובדקדקנות המאפיינים את מבצעי ההתנקשות שיוחסו בעבר למוסד כגון אלה שייועדו נגד מדעני גרעין איראניים בטהרן, בכירים בחיזבאללה ובראשם "שר הביטחון של הארגון" עמאד מורנייה בדמשק ואפילו חיסולו של מחמוד מבחוח בדובאי.
למשל, הצילומים שלאחר הרצח מראים כי המתנקשים "ריססו" את מכוניתו של א-זווארי בכדורים רבים, דבר שלא אפיין את ההתנקשויות הקודמות המיוחסות למוסד. בשנים האחרונות שיטת החיסול המועדפת שיוחסה לארגון הייתה הצמדת פצצות לכלי הרכב של היעדים או הטמנתן והפעלתן באמצעות מנגנון השהיה או בשלט רחוק, אפילו מכלי טיס. ירי ישיר בעזרת אקדחים עם משתיקי קול מטווח קצר אפיינו את המבצעים שיוחסו למוסד בשנות ה-70, והפעם האחרונה שהיה שימוש בשיטה זו הייתה ב-1995 במלטה, בחיסולו של מנהיג הג'יהאד האסלאמי פתחי שקאקי.