לקראת פקיעת ההיתרים לנמלים החדשים, ב-13 באפריל, לפריקת מטען כללי, קיים חשש בקרב חברות ספנות מההשלכות הצפויות, אם שרת התחבורה מירי רגב ושר האוצר בצלאל סמוטריץ, לא יאשרו את ההיתרים.
"ברור לכולם מה יקרה ביום שאחרי המלחמה. אנחנו חוששים ודואגים שברגע שפעילות הנמלים תחזור להיקף הרגיל, שצפוי אג להתעצם, נמלי ישראל לא יהיו ערוכים להתמודד עם שטף האוניות והסחורה שיגיעו לישראל", התריע נשיא שכת הספנות הישראלית, יורם זבה.
לאחרונה התגייסו משתמשים בשירותי הנמלים בישראל וגופים ציבוריים נוספים, לקריאה להסדיר מיידית את ההיתרים, על מנת שאניות אשר יגיעו לישראל עם מטענים חיוניים, לא יתעכבו. זאת, לנוח החשש לפקקים חמורים בנמלי ישראל.
דרישתם כוללת גם מתן אפשרות לתחרות מלאה לכל הנמלים, בניהול פרטי וממשלתי, תוך שימוש יעיל במשאבים היקרים שהמדינה השקיעה בהם.
ההיתרים שעומדים לפקוע מיועדים להפעלת רציפים בנמל המפרץ ובנמל הדרום, אשר בזמנו נשאר ריקים לתקופה של כמה שנים.
בלשכת הספנות טוענים, כי מאחר והסחר התפתח מעבר לתחזיות, כוונה זו לא עמדה במבחן המציאות ונוצר מצב של סחר גדל ובריא לצד רציפים ריקים שמנעו שירות מלא. זאת, תו התעלמות לטענתם מהעובדה שהגברת התחרות הטבעית בין כל הנמלים תוביל להורדת מחירים.
"ההתמהמהות של משרדי הממשלה לאשר את המשך ההיתר עצרה את המשך היערכותם של הנמלים החדשים בעין הקריטי הנוכחי, כאשר המלחמה מהווה סיכון למגבלות נוספות, שלא היו כאן לפני כשנתיים שכולנו לא חפצים בהם", ציין עוד זבה והודיע שבלשכת הספנות קוראים לפתיחה מלאה ומיידית של כל הנמלים בישראל לקליטת כל סוגי המטענים.