ביקורת רבה בדו"ח מבקר המדינה נמתחת על ההתנהלות במשרד הכלכלה, בעיקר על "מנהל ההסדרה של חוקי העבודה". להערכתו של יוסף שפירא, יש ליקויים רבים בהפעלתו.
המבקר מציין ש"עובדים רבים בישראל משתכרים שכר נמוך שלא מספיק אף לצורכיהם הבסיסיים, ופעמים רבות הם נזקקים לתמיכת המדינה. תופעה זו מכונה 'עובדים עניים', אחת הסיבות העיקריות שמעסיקים רבים מפרים את זכויות המגן של עובדים, ושל עובדים בשכר נמוך".
שאלת חיזוק האכיפה של חוקי העבודה נדונה על ידי מבקר המדינה בדוחות ב-2004 וב-2008 אך הליקויים שנמצאו ודווחו אז טרם סודרו. הם לא תוקנו, למרות שבעקבות המסקנות של מספר ועדות שהוקמו בנושא, הממשלה תגברה את מנהל ההסדרה בתקציבים וגם הגדילה פי חמישה את כוח האדם.
"תכנית העבודה אינה מבוססת על נתונים ומחקר לגבי הענפים, משלחי היד ותתי-המגזרים שבהם קיימים השיעורים הגבוהים ביותר של עובדים בשכר נמוך ושל הפרות זכויות עובדים. יחידת המודיעין אינה מאוישת כנדרש ותפוקות המודיעין במנהל מועטות. מערכת המחשוב עודנה מיושנת ואינה מאפשרת למטה המינהל להפיק דוחות מנהלים עם נתונים עדכניים ושוטפים, הדרושים לבקרה על פעולות המינהל ותפוקותיו ולקביעת יעדים מבוססי נתונים".
בגלל זה, כמחצית פעילות המינהל מבוססת על תלונות המתקבלות בו, אך מספרן אינו מאפשר בסיס רחב דיו לאכיפה, והן אינן ממקדות את האכיפה במעסיקי עובדים בשכר נמוך, לרבות עובדים מהאוכלוסייה הערבית, המשפיעות על השכר. גם האכיפה היזומה אינה בהיקף מספק ואינה מתמקדת די במגזרים מועדים להפרות שממעטים להתלונן, כגון האוכלוסייה הערבית.
המבקר דורש ממשרד הכלכלה "לבחון את פעילותו של המינהל למימוש המלצות מבקר המדינה בדוחות קודמים ובדוח זה, ובכלל זה לקבוע יעדי אכיפה כמותיים שלפיהם תיבחן האכיפה. לקיים בדיקות חוזרות, כדי להתמודד עם מעסיקים שהם מפרים חוזרים ולהגביר את ההרתעה. כיוון שעובדים של קבלני שירות הם ברובם עובדים בשכר נמוך והפרות זכויות נפוצות בקרבם, מן הראוי כי המינהל יבחן דרכים להגביר את האכיפה לגביהם".
משרד הכלכלה נמסר: "מנהל ההסדרה ואכיפה שבמשרד הכלכלה ביצע בשנים האחרונות - וביתר שאת מאז כניסת החוק להגברת האכיפה של דיני עבודה לתוקף ב 2012 - שינוי משמעותי בעל השלכות רוחב על שוק העבודה והמשק. שינוי זה, הוביל לשילוש היקף הפעילות בתחום האכיפה והטלת עיצומים כספיים כבדים, כתבי אישום וקנסות על מעסיקים פוגעניים. המינהל לומד את ממצאי הדו"ח וכבר החל ביישום המלצות המבקר במסגרת עבודת מטה לתיקון הליקויים והפערים. בתוך כך, בונה המינהל קשרי עבודה עם גורמים שונים במטרה לטייב את האכיפה המתבצעת בכל הנוגע לאכיפת זכויות עובדים – בדגש על זכויות עובדים בשכר נמוך, לרבות שכלול העבודה באמצעים מודיעיניים ואחרים על מנת להתמודד עם האתגרים.
משרד הכלכלה נמסר: "מנהל ההסדרה ואכיפה שבמשרד הכלכלה ביצע בשנים האחרונות - וביתר שאת מאז כניסת החוק להגברת האכיפה של דיני עבודה לתוקף ב 2012 - שינוי משמעותי בעל השלכות רוחב על שוק העבודה והמשק. שינוי זה, הוביל לשילוש היקף הפעילות בתחום האכיפה והטלת עיצומים כספיים כבדים, כתבי אישום וקנסות על מעסיקים פוגעניים. המינהל לומד את ממצאי הדו"ח וכבר החל ביישום המלצות המבקר במסגרת עבודת מטה לתיקון הליקויים והפערים. בתוך כך, בונה המינהל קשרי עבודה עם גורמים שונים במטרה לטייב את האכיפה המתבצעת בכל הנוגע לאכיפת זכויות עובדים – בדגש על זכויות עובדים בשכר נמוך, לרבות שכלול העבודה באמצעים מודיעיניים ואחרים על מנת להתמודד עם האתגרים.