כרבע מהעסקים שהמחזורים הכספיים שלהם עד 300 אלף שקל בשנה סבלו מצניחה חדה של 100%-80% בהכנסות בתקופת הסגר הראשון בחודשים אפריל-מאי, כך עולה מדוח מבקר המדינה העוסק בפעילות רשות המיסים במשבר הקורונה. המבקר גם מציין שבחודשים מרץ-אפריל נרשמה ירידה של 19% בגביית המיסים הישירים. להערכת מחברי הדוח, עקב משבר הקורונה סבלו 74% מהעסקים כמעט בכל ענפי המשק מירידה ניכרת במחזורים הכספיים. שיעורי הפגיעה הגבוהים ביותר היו בענפי האומנות והבידור, החינוך, התיירות, האירוח והאוכל.
מבקר המדינה מציין שבתקופת משבר הקורונה נדרשה רשות המיסים לשמור על רציפות תפקודית ולתת מענה לאזרחים בנושאים שונים (דוגמת החזרי מס, אישורי ניכוי מס במקור, פריסות פיצויים) וזאת, במקביל עם קיום ההגבלות שהטילה הממשלה, ובכללן צמצום כוח האדם.
נוסף על פעילותה השוטפת של רשות המיסים הוטל עליה בתקופה זו להפעיל מנגנון לתשלום המענקים שנועדו לסייע לעסקים, על פי החלטות הממשלה. במסגרת זו נקבעו אמות מידה לקביעת הזכאות למענק, לקביעת הזכאים, לחישוב סכום המענק לכל עסק ולאופן תשלום המענק.
בביקורת עלה, כי בקריטריונים שפורסמו לקבלת המענקים היו לעתים עיוותים, אשר פגעו באפשרות של כמה קבוצות של עצמאים ועסקים לקבל את המענקים שנקבעו. בין הנפגעים היו עוסקים המדווחים על בסיס מזומן, שכירים בעלי שליטה (בפעימה הראשונה), עסקים אשר הפסידו בשנת 2018 ועסקים המדווחים באיחוד עוסקים.
בנוסף, המענקים בפעימות הראשונה והשנייה ניתנו ללא שנבדקה הצהרת המקבלים בדבר ירידה של 25% במחזור העסקים שלהם, לעומת התקופה המקבילה בשנת 2019. לאור זאת, מתריע המבקר, ייתכן שהיו בין מקבלי המענקים גם עסקים ששיעור הירידה במחזור העסקים שלהם היה פחות מ-25%, לעומת התקופה המקבילה בשנת 2019, ולכן הם לא היו זכאים למענק.
עוד נמצא בביקורת, כי בתקופת משבר הקורונה התגלו במערכת המקוונת של רשות המיסים בעיות ותקלות, אשר פגעו בשירותים שניתנו לאזרחים. בין התקלות: למעלה מ-15 אלף מבקשי מענק גרם לעומס חריג שלא אפשר למבקשים נוספים להגיש בקשה. תקלה במערכת גם גרמה לאי-קליטת הבקשות של כ-כ-22 אלף מגישי בקשה, ועלייה מאוחרת של חלקים מהמערכת גרמה לעיכוב בבדיקת הבקשות. מבקר המדינה קובע עוד, כי המערכת לא הייתה מקושרת באופן מיטבי למערכות המחשוב של משרדי ממשלה ושל גופים רלוונטיים.
גם זמני ההמתנה לקבלת מענה טלפוני בסגר הראשון היו ממושכים. מהבדיקה עלה, כי במרץ-אפריל זמן ההמתנה המירבי לקבלת מענה טלפוני היה ברוב המקרים שעה ויותר. מהפילוח עולה, כי ממוצע זמן ההמתנה המירבי למענה בנושא הקורונה היה כ-42 דקות וממוצע זמן ההמתנה המרבי למענה בנושא המענק לעסקים קטנים היה כשעה ו-18 דקות. היו אף תלונות של פונים שנאלצו להמתין למעלה משעתיים למענה טלפוני בנושאי הקורונה והמענק לעסקים קטנים.
לחלק מהשירותים שסיפקה רשות המיסים בתקופת הקורונה (קבלת מענק, החזר הוצאות קבועות ופריסת תשלומים וכן הגשת דוחות שנתיים) נדרשה הגשה ידנית של מסמכים. רק בתחילת מאי 2020 נפתחה האפשרות, באופן זמני ולתקופת משבר הקורונה, להגיש דוחות שנתיים ובקשות להחזרי מס באופן מקוון, ללא צורך בהגשה ידנית.
בדוח גם נטען, כי רשויות המס מטילות על בעל חוב נקיטת פעולות משמעותיות לצורך הוכחת החובות כאבודים, כדי שיוכל לקבל בחזרה את המיסים ששולמו בשל המכירות שירדו לטמיון. עם זאת, לא ניתנו למערך מס הכנסה הנחיות ברורות בדבר התנאים להכרה בחובות אבודים בפרט בתקופת משבר הקורונה.
לחיוב צויין בדוח, כי עם תחילת משבר הקורונה תפקדה רשות המיסים בהתבסס על נהלים שגיבשה לשעת חירום, תוך בקרה שוטפת בניסיון להביא לפתרון בעיות.