הסוכנות היהודית ומשרד העלייה והקליטה גיבשו נוהל חירום מקיף לעליה וקליטה ולליווי העולים מרגע נחיתתם בישראל. העלייה לישראל נמשכת בצורה מבוקרת ומצומצמת: בשיתוף עם משרד העלייה והקליטה ובתיאום עם משרד הבריאות, מפעילה הסוכנות היהודית נוהל חירום מיוחד ומקיף להגעת עולים חדשים לישראל בתקופה הקרובה ולקליטתם הבטוחה בארץ, בהתאם להנחיות המלאות של הרשויות המוסמכות בישראל.
על פי הנוהל, כל עולה המגיע לקליטה ישירה ברשויות המקומיות יידרש לחתום טרם עלייתו על המקום שבו ישהה בבידוד ביתי מיד עם הגעתו לישראל ולהתחייב לפעול על פי נוהלי משרד הבריאות. עוד על פי הנוהל, ב-14 הימים שבהם ישהה העולה בבידוד ביתי בקהילה, אנשי המקצוע של הסוכנות היהודית ימשיכו ללוות אותו, בעיקר מרחוק, ביחד עם משרד הקליטה וגורמי הקליטה ברשויות המקומיות וזאת על מנת לסייע ככל הנדרש ולספק לו את כל מחסורו. במסגרת הנוהל החדש, מופעל בירושלים מוקד עלייה מיוחד של הסוכנות היהודית, המחובר לעשרות אתרים בהם פועלת הסוכנות ברחבי תבל ומאויש על ידי אנשי מקצוע דוברי שפות שונות שמדריכים ומלווים כל עולה עוד טרם הגעתו ובהתאם להנחיות המלאות של משרד הבריאות הישראלי.
בתקופה הזו של השנה, העלייה לישראל מבוססת בעיקר על הגעת בודדים ומשפחות ולא על טיסות העולים הקבוצתיות המאורגנות בקיץ. יש עולים שמכרו את ביתם והתפטרו מעבודתם והם בדרכם לבית החדש שלהם בישראל. יצויין כי בין העולים בפוטנציה, ישנם כאלו שמחליטים להשהות ולדחות את עלייתם עד להתבהרות המצב. היחידה לעליה וקליטה של הסוכנות היהודית בראשות שי פלבר אחראית על פעילות זו 24 שעות ביממה.
זאת ועוד - על רקע משבר וירוס הקורונה מפעילה הסוכנות היהודית חדר מצב בינלאומי שפועל 24 שעות ביממה, בהובלת מנכ"לית הסוכנות היהודית, אמירה אהרונוביץ, וסמנכ"ל התפעול, יהודה סטון. השניים חולשים על כל היערכות הסוכנות היהודית בתקופת חירום זו ומדווחים ישירות ליו״ר ההנהלה יצחק הרצוג . חדר המצב הסוכנותי עומד בקשר הדוק עם הקהילות היהודיות ברחבי העולם, מגבש דרכי התמודדות לתרחישים אפשריים ומעניק מענה מיידי לכל צורך המתעורר בתחומי הפעילות המגוונים של הסוכנות בישראל וברחבי העולם. בנוסף לנוהל העליה, גיבשה הסוכנות היהודית הליכים מקיפים ללווי מאות שליחות ושליחים של הסוכנות המשרתים ברחבי העולם היהודי, לטיפול באלפי קשישים וניצולי שואה המתגוררים בבתי עמיגור של הסוכנות ולליווי מבקרים, מתנדבים ומתמחים מהתפוצות השוהים בישראל במסגרת פרויקט מסע וחוויות ישראליות נוספות ושהגיעו ארצה טרם המשבר. חדר המצב של הסוכנות היהודית פועל בשיתוף עם הגורמים המוסמכים בישראל ובעולם.
כמו כן, אחרי שנסגרו בתי ספר ומסגרות חינוכיות נוספות בקהילות היהודיות בצפון אמריקה, החליטה הסוכנות היהודית בתיאום עם שותפיה בתפוצות להחזיר לחופשת פסח בישראל את השינשינים מצפון אמריקה, היות שפעילותם מבוססת על המפגש הבין אישי במיוחד במסגרות אלה.
לדברי יו"ר הסוכנות היהודית יצחק הרצוג, "זוהי עת לערבות הדדית ולסולידריות חברתית בישראל, בעם היהודי ובעולם כולו. נפעל לסייע לקהילות היהודיות ברחבי העולם ונפעיל אמצעים טכנולוגיים ותכניות מיוחדות כדי להמשיך בפעילות שוטפת באזורים בהם לא ניתן לפעול בשטח".