גורמים במשרד הבריאות טוענים כי הסיבה לכישלון מבצע החיסונים במוסדות החינוך הוא התנהלותה של שרת החינוך יפעת שאשא ביטון. "במקום לקבל רוח גבית למבצע, מהרגע הראשון היא עשתה הכל כדי שניכשל, לא סייעה ולא רתמה את המנהלים לנושא", הם מאשימים.
במשרד החינוך מדגישים כי מה שעומד לנגד עיניה של השרה הוא שמירה על שגרת לימודים ומערכת חינוך פתוחה. מנתוני משרד הבריאות עולה כי במערכת החינוך יש כ־76 אלף תלמידים ואנשי חינוך מאומתים וכ־93 אלף תלמידים ואנשי חינוך שנמצאים בבידוד.
עם זאת, לפי נתוני חיסון הילדים, יותר מ־50% מילדי הגנים ותלמידי כיתות א'־ו' פטורים מבידוד, ואילו בבתי הספר העל־יסודיים שיעור הפטורים מבידוד בזכות החיסונים הוא 63%. בקרב הצוותים החינוכיים המצב טוב אף יותר - 78% פטורים מבידוד. בזכות הנתונים האלה, אל בתי הספר מגיעים, או יכולים להגיע, כ־2.2 מיליון תלמידים, בצורה סדירה. ביותר מ־60% מהכיתות אין תחלואה כלל.
גורמים בצמרת משרד החינוך אומרים ל"מעריב" כי בזמן שמשרד הבריאות היה אחראי על החיסונים בבתי הספר, סופקו פחות מ־60 ניידות חיסון ל־5,000 בתי ספר, וכי זהו מספר קטן בהרבה מכפי שהיה צריך כדי לחסן מסה גדולה של תלמידים, ולכן המבצע נכשל.
עוד הם מציינים כי לפני מספר ימים התקבל במשרד מכתב מראש שירותי בריאות הציבור ד"ר שרון אלרעי פרייס, ובו הוראה להפסיק את חיסוני הקורונה בבתי הספר, בטענה של "חזרה לשגרה". הם מאשימים: "משרד הבריאות תקפו ותוקפים את שרת החינוך, אבל באמצע הגל, עם מספר המאומתים הגדול ביותר שהיה כאן, הוא מפסיק את החיסונים בבתי הספר".