משבר הרכבת מעלה סוגיה משפטית מהותית ועקרונית. על פי הפרסומים, שלא הוכחשו, דקות אחדות לפני כניסת השבת, ביום שישי האחרון, הורתה לשכת ראש הממשלה להנהלת הרכבת להימנע מביצוע כל העבודות שתוכננו על ידה במהלך שישי־שבת, כשהתחבורה מושבתת, לרבות שלוש מבין העבודות שהוגדרו כחיוניות וכמצילות חיים.
הוראה זו גרמה לכאוס בדרכים במוצאי שבת ובבוקר יום ראשון. כ־200 אלף בני אדם חוו על בשרם את תוצאות ההוראה הנחפזת הזו, שמסתבר שניתנה שלא כדין. זאת, מכיוון שללשכת ראש הממשלה, לרבות לראש הממשלה עצמו ולשר התחבורה, אין סמכות משפטית להורות להנהלת חברת הרכבת כיצד לפעול.
חוק החברות הממשלתיות, החל על רכבת ישראל בהיותה חברה ממשלתית, נועד במהותו ועל פי כוונת המחוקקים, ליצור נתק מוחלט בין הדרג הפוליטי לדרג המקצועי, שנועד לייצר רווחים לטובת הציבור. ממש כמו בחברה שאינה חברה ממשלתית. וכך קובע החוק בסעיף 4: "חברה ממשלתית תפעל לפי השיקולים העסקיים שעל פיהן נוהגת לפעול חברה לא ממשלתית, זולת אם קבעה לה הממשלה באישור הוועדה (ועדת הכספים) שיקולי פעולה אחרים...".
הרעיון חד־משמעי: אין התערבות ממשלתית, לא של שר ולא של בכירים ממנו בעבודתה של חברה ממשלתית, אלא אם התקבלה החלטה במליאת הממשלה ובאישור ועדת הכספים לפעול משיקולים זרים. וככל הידוע, לא הממשלה החליטה כך ובוודאי שוועדת הכספים לא אישרה זאת. לכן, יש לתמוה מהיכן שאבו נותני ההוראה את ההוראה. ולא פחות מכך, למה צייתה הנהלת הרכבת להוראה שניתנה לה שלא כדין וללא אישור הדירקטוריון.
יש עוד עניין אחד שראוי להזכיר בהקשר זה: העבודה בשבת מחייבת היתרים של משרד העבודה, אך היתרים כאלה ניתנו לרכבת כדין וככל הידוע בינתיים, איש לא ביטל אותם. זו סמכות עקיפה של הממשלה להתערב בעבודת הרכבת, אבל רק בשבתות. אך היא לא פעלה בדרך זו. נושא זה הובא לעתירה בבג"ץ וייתכן שעוד היום תינתן בו החלטה.