השרים שקוראים לפטר את היועמ"שית, או לפחות להגביל את שיקול הדעת שלה, עומדים לגלות כמו קודמיהם מאז קום המדינה שזאת משימה חסרת סיכוי. מספרים על אחד משרי המשפטים שסיים קדנציה מוצלחת במיוחד. לאחר הבחירות מפלגתו נשארה בקואליציה וראש הממשלה קרא לו למשרדו, ובישר לו כי הוא משאיר אותו בתפקיד לאור הצלחותיו הרבות.
שר המשפטים ענה לראש הממשלה: "תודה, אבל לא! אם אתה רוצה לעשות עמי חסד, מנה אותי לתפקיד היועץ המשפטי לממשלה". ראש הממשלה הופתע והשיב לו: "כנראה לא הבנת. אני ממנה אותך שוב לתפקיד שר המשפטים, כפי רצונך". השר השיב לו: "אני הבנתי. אתה לא הבנת, אדוני. כוונתי הייתה שתמנה אותי לבוס האמיתי של משרד המשפטים – תמנה אותי כיועץ המשפטי לממשלה".
עוד יכתבו על זה ספרים: מיד אחרי התקיפה של איראן, נחשף האיום של ביידן לנתניהו | דיווח דרמטי
פיתרון למשבר? התפקיד המסתמן לבכיר מיו״ש שאיטליה סירבה לקבל כשגריר | פרסום ראשון
סיפור זה, ספק אמת ספק גוזמה, משקף את מצב העניינים הייחודי שהתגבש בשיטת הממשל הישראלית: במשרד המשפטים ישנו שר העומד פורמלית בראש המשרד, אך תחתיו יש בעל תפקיד חשוב ומשמעותי בהרבה – היועץ המשפטי לממשלה. פקיד בכיר, שאינו איש פוליטי. הוא בעל עצמאות ושיקול דעת מלא והאחראי על מתן הייעוץ המשפטי לממשלה וזרועותיה, התביעה הכללית וייצוג המדינה והאינטרס הציבורי בערכאות. היועץ המשפטי הוא הפרשן המוסמך של הדין ביחס לממשלה, המפקח על חוקיות פעולותיה.
המתח בין הממשלה לבין היועץ המשפטי קיים מאז ימי קום המדינה. בפרשת העמדתו לדין של איסר בארי, בשנת 1949, התעורר העימות הממשי הראשון בין היועץ המשפטי לממשלה לבין הדרג הפוליטי, שתוצאותיו קבעו את התקדים בדבר עצמאותו המוחלטת של היועץ המשפטי לממשלה והיעדר כפיפותו לממשלה. בארי, שהיה בכיר בהגנה, ביצע "משפט שדה" לקצין מאיר טוביאנסקי בטענת שווא כי הוא מסר מידע לבריטים, גזר את דינו למיתה והורה על ביצוע גזר הדין בו במקום.
כאשר נודע הדבר למשפחתו של טוביאנסקי, פרצה סערה ציבורית, וראש הממשלה דוד בן־גוריון הורה על בדיקת הטענות נגד בארי. בבדיקה נמצא כי בארי אכן ביצע משפט שדה ללא סמכות בדין והוציא להורג אדם חף מפשע. בן־גוריון הורה על תשלום פיצויים למשפחתו של טוביאנסקי, והפרשה הסתיימה מבחינתו.
היועץ יעקב שמשון שפירא, מצדו, לא הסתפק בכך וביקש להעמיד את בארי לדין פלילי. בן־גוריון ביקש מהיועץ לשנות את עמדתו, ומשלא הצליח – ביקש להביא את עניין העמדתו של בארי לדין לדיון בממשלה. בן־גוריון טען כי שפירא הוא "עורך הדין של הממשלה" ועליו לקבל את הוראות הממשלה. היועץ המשפטי שפירא התעקש וסירב לבקשתו של בן־גוריון, ואף איים כי יתפטר מתפקידו אם סוגיית העמדתו של בארי לדין תובא לדיון בממשלה. שפירא טען כי אסור לממשלה להתערב בשיקוליו של היועץ המשפטי לממשלה, ויש למנוע השפעות פוליטיות בסוגיות כה רגישות של אכיפת החוק. לבסוף, קיבל בן־גוריון את עמדתו של שפירא, ונסוג.
פרשת בארי היא אולי הפרשה החשובה ביותר בעיצובו של המנהג החוקתי בדבר עצמאותו המלאה של היועץ המשפטי לממשלה. כפי שסיכם זאת לימים היועץ שפירא: "מקרה זה קבע במידה רבה את מעמד התפקיד… הם ידעו שאי אפשר להתערב בשיקולי היועץ המשפטי. זה לא כתוב בשום חוק, לא היה כתוב בשום החלטה, אבל ככה זה נקבע וזה נקבע לתמיד".
כעת, בעקבות שורה של עימותים משפטיים בעיקר ביחס לחוק הגיוס והליך מינוי נציב שירות המדינה, שוב עולים מצד שרי הממשלה קולות המבקשים לצמצם את שיקול הדעת העצמאי של היועצת המשפטית לממשלה, עו"ד גלי בהרב מיארה. חלק מהשרים אף קוראים בגלוי לפיטוריה. אך מהר מאוד הם יגלו, כמו קודמיהם מאז קום המדינה, שאת המנהג המושרש בדבר עצמאות ואי־תלות היועצת המשפטית אי אפשר לשנות בקלות.
ההסדר שנקבע בעקבות דוח ועדת שמגר הוא שהפסקת כהונת היועצת המשפטית תיעשה רק לאחר היוועצות וקבלת עמדת הוועדה הציבורית לבחירת היועץ המשפטי שבראשה עומד שופט בדימוס של בית המשפט העליון. קשה להעלות על הדעת מצב דברים שבו הוועדה תמליץ בפני הממשלה על הפסקת כהונת היועצת המשפטית. נראה שהממשלה ושריה ייאלצו להבין שהיועצת המשפטית לממשלה לא הולכת לשם מקום, וכפי שהיה מאז פרשת בארי, המאבק בין הדרג הפוליטי לייעוץ המשפטי יימשך.