סמכותו של היועץ המשפטי לממשלה, כפרשן העצמאי המוסמך של הדין, אל מול הרשות המבצעת וזרועותיה - נטועה עמוק במסורת החוקתית שלנו והחלה להתגבש בשנים הראשונות של המדינה. רב־ניצב דני לוי, מפכ"ל המשטרה, החליט כנראה שמוסכמה זו, שאומצה עוד מימי קום המדינה, אינה תקפה כבר במשטרת ישראל. קשה להמעיט בחומרת הדברים.
בתחילת שנות ה־50, עת כיהן חיים כהן כיועץ המשפטי לממשלה, הוא הורה לפקידי משרד הפנים כי לצורך חוק השבות, התש"י ־1950 וחוק האזרחות, התשי"ב־1952, כל אדם שמצהיר כי הוא יהודי ייחשב ככזה, בלי צורך במבחן הלכתי לשם הגדרת מיהו יהודי.
כאשר עלתה שאלה מצד התקשורת מהיכן סמכותו של היועץ לחלק הוראות לפקידי הממשלה, ניתנה התשובה כי היועץ המשפטי לממשלה הוא הפרשן של הדין לפי "מסורת חוקית בלתי מפורשת". נטען כי לפי מסורת זו, חוות דעתם של המשפטנים בשירות המדינה מחייבת, ואם יסטו עובדי הציבור מהנחיית היועץ, יש בידו סנקציה בדמות מניעת הגנה משפטית מהשר או מעובד הציבור. עולה מן האמור כי כבר בימי בראשית הוכר מעמדו הייחודי והעצמאי של היועץ המשפטי כפרשן המוסמך של הדין.
בשנת 1962 התחולל משבר ביחסי היועץ המשפטי לממשלה ושר המשפטים, שתוצאותיו מהוות אבן יסוד בביסוס עצמאות שיקול הדעת של היועמ"ש בשיטת הממשל הישראלית. שר המשפטים דב יוסף, שמונה בסוף שנת 1961, לא הסכים לקבל את המציאות שנוצרה מאז קום המדינה, שבה מכהנים "שני שרי משפטים". שר פורמלי המופיע בכנסת, חותם על חוקים ומסמכים ומשתתף בישיבות הממשלה; ושר המבצע לא מעט מהעבודה במשרד המשפטים, והוא היועץ המשפטי לממשלה.
מולו ניצב איתן היועץ המשפטי לממשלה גדעון האוזנר, שזכה לתהילה רבה בזכות תפקידו כתובע הראשי במשפט אייכמן. השר יוסף ביקש לשנות מהמנהג שנוצר, והחל לתת הנחיות ליועץ המשפטי לממשלה בתחום אכיפת החוק. הוויכוח בין השניים הוביל לפילוג ולשיתוק של עבודת משרד המשפטים, כשבמקביל התחולל דיון ציבורי ופוליטי ער בממשלה, בכנסת ובתקשורת על אודות מעמדו ותפקידו של היועץ המשפטי לממשלה.
לבסוף החליטה הממשלה למנות ועדת משפטנים לבחינת סמכויותיו של היועמ"ש בראשות שופט בית המשפט העליון שמעון אגרנט. בכל הנוגע לשאלה אם עמדת היועץ המשפטי מחייבת את הממשלה בתחומים שאינם קשורים לאכיפת החוק הפלילי, השיבה הוועדה שהסדר הטוב מחייב כי "בדרך כלל תתייחס הממשלה לחוות הדעת המשפטית של היועץ המשפטי לממשלה, אשר יש לו כשירות של שופט בית המשפט העליון, כאל חוות דעת המשקפת את החוק הקיים. עם זאת, רשאית הממשלה, תוך צאתה מן ההנחה האמורה, להחליט כיצד עליה לפעול במקרה המסוים, לפי שיקול דעתה".
אשר לרשויות הנמנות עם הזרוע המבצעת במדינה, כגון משטרת ישראל, סברה הוועדה שלא יכול להיות ספק בדבר כי מחובתן לראות את חוות דעתו של היועץ המשפטי לממשלה כמדריכה בשאלות חוק ומשפט. הממשלה אימצה את חוות הדעת, וכך באופן רשמי הוכרעה המחלוקת לטובתו של היועץ המשפטי לממשלה. עד היום פקידי הציבור כיבדו מוסכמה זו, וקיבלו את חוות הדעת של הייעוץ המשפטי לממשלה בנושאי חוק ומשפט.
בשבוע שעבר החליט המפכ"ל להעביר מתפקידו את תנ"צ אלעזר כהנא, היועץ המשפטי של משטרת ישראל. היועמ"שית גלי בהרב מיארה סבורה כי שינוי התפקיד אינו חוקי, וכי יש להקפיא את ההחלטה. בתשובתו לפנייתה של היועמ"שית הבהיר המפכ"ל כי עמדתה אינה מקובלת עליו.
בהמשך הסכים לוי להקפיא את המהלך עד לפגישתו עם בהרב מיארה. אבל בכל מקרה, מדובר היה בתקדים מסוכן, שבמסגרתו העומד בראש הגוף האמון על אכיפת החוק נכנס להתנגשות חזיתית עם הממונה על אכיפת החוק במדינה - וטוב עשה לוי כשחזר בו (לפחות זמנית) מכוונתו.