חמש שנות כהונתו של יצחק נבון כנשיא החמישי של מדינת ישראל נחשבות בעיני רבים לתור הזהב של המשכן. נבון היה לאחד הנשיאים הפופולריים בכל הזמנים, אולי משום שלא צבר אויבים בפוליטיקה, שממנה הגיע אל הנשיאות, לא הסתבך בפרשיות שחיתות ושום רבב לא דבק בו.
אף שנחשב יונה צחורה ואף שכף רגלו לא דרכה מסיבות אידיאולוגיות ביהודה ושומרון במהלך כל שנות כהונתו, הפופולריות של נבון הרקיעה שחקים בתקופת נשיאותו והוא היה מקובל על כל חלקי האוכלוסייה הישראלית.
היום קשה להעלות על הדעת סיטואציה שבה בתקופת שלטון הימין ייבחר נציג העבודה לנשיא, אבל זה בדיוק מה שקרה ליצחק נבון. לתפקיד של האזרח מספר אחת נבחר דווקא הוא, איש מפלגת העבודה השנואה, וזאת כשנה בלבד לאחר המהפך שהביא את מנחם בגין לשלטון. כמו בביטוי הידוע "שניים רבים והשלישי לוקח", ידע נבון לנצל קונסטלציה שבה מפלגת הליכוד של אותם הימים, שהורכבה מגוש חירות ליברלים, לא השכילה להציג מועמד מוסכם ומוביל משלה. הליברלים הריצו לתפקיד את ד"ר אלימלך רימלט. בגין מצדו ניסה לקדם מועמדות של פרופסור אלמוני בשם יצחק שווה, שלא היה מוכר כלל לציבור. לבסוף השניים נשרו, ומי שנבחר לנשיא בתמיכתם של 85 ח"כים היה לא אחר מאשר יצחק נבון, איש המערך ומי שהיה במשך שנים מזכירו האישי של דוד בן־גוריון. בכך היה נבון לנשיא החמישי, וכיהן בהצלחה תקופת כהונה אחת.
שמר על נקיון ידיים
יחסיו עם בגין היו קורקטיים לאורך הקדנציה. נבון ידע שעליו להיזהר בשל היותו מהמחנה האחר, והוא נמנע מלהיכנס לסוגיות פוליטיות בעייתיות ולא היה שותף למזימות פוליטיות, לא בחש ולא חתר תחת איש, למעט מקרה שבו זכה דווקא לנקודות זכות רבות בציבור - במהלך מלחמת לבנון הראשונה דרש להקים ועדת חקירה שתבדוק את אירועי הטבח בסברה ושתילה (אף שבגין התנגד לכך), ואיים להתפטר אם לא יעשו כן.
נבון, יש לזכור, כיהן כנשיא בתקופה שבה האינטרנט טרם הומצא והרשתות החברתיות עוד לא באו לעולם. בעידן הפייסבוק ייתכן מאוד שדרישתו להקים ועדת חקירה הייתה מזכה אותו בים של גינויים וצובעת אותו בצבעי שמאל עזים, אבל לעומת זאת הוא היה זוכה להרבה לייקים בשל התנגדותו לעסקת ג'יבריל.
את המוניטין החיובי רכש בציבור הרבה בזכות מפעליו התרבותיים כמו "בוסתן ספרדי".
גם העובדה שהיה למעשה הנשיא המזרחי הראשון, בן לאב משפחה מצאצאי גירוש ספרד ולאם ממוצא מרוקאי, היטיבה את מעמדו. אפילו חזרתו לפוליטיקה, לתפקיד של סגן ראש הממשלה ושר החינוך והתרבות, לאחר שנת כהונה אחת במשכן הנשיא, לא הצליחה לקלקל את דימויו החיובי. מעל הכל נבון היה אדם צנוע. בלי מלונות פאר, בלי חגיגות ראווה, ללא טיסות במחלקה הראשונה וחברים טייקונים. הוא היה נשיא של העם ועל כן זכה באהבתו.