לאחר שנות שיקום ארוכות, שהפכו את נחל הירקון לריאה ירוקה בתוואי המפותל שלאורך 28 הקילומטרים מהמעיינות בראש העין עד לשפך ברדינג בתל אביב, נשקפת כעת סכנה לאיכות המים בנחל המיתולוגי, בעקבות תוכניות הבנייה המסיביות ועבודות התשתית הנרחבות. "תוכניות הבנייה, שאמורות להביא להכפלת האוכלוסייה באזור המרכז, עלולות להפוך לפצצת זמן לנחל הירקון אם לא יתבצעו פעולות להגדלת קיבולת מכוני טיהור המים ולשדרוג מערכות הביוב והניקוז", מזהיר מנהל רשות נחל הירקון ד"ר דוד פרגמנט.
 
להערכתו, יהיה צורך להשקיע מאות מיליוני שקלים בשנים הבאות - קודם כל כדי לשדרג את מכוני טיהור השפכים שבגזרת הירקון. "המכונים במתכונתם הנוכחית לא יוכלו לעמוד בעומסי השפכים הכבדים הצפויים בשל האצת הבנייה והגידול המואץ באוכלוסייה", הוא מזהיר. "נצטרך להגיב להיקפי הבנייה. עלינו למנוע הזרמת מי שפכים לירקון. שנים ארוכות אנו פועלים לשיקומו וכבר הגענו להישגים".
 
לדבריו, "כבר כיום יש המון תוכניות בנייה שבטווח הארוך יביאו להכפלת האוכלוסייה ביישובים הנושקים לנחל - תל אביב, רמת גן, בני ברק, רמת השרון, הוד השרון, פתח תקווה ויישובי המועצה האזורית דרום השרון"."חשוב גם לאסור בנייה היכן שהירקון מציף שטחים בעת שיטפונות, כפי שקרה בחורף 1992. יש לכוון את הבנייה כך שלא תהיה באזורי ההצפה", אומר עוד פרגמנט, הדורש לשמר את אגן הניקוז של הירקון, ששטחו כ־1,800 קמ"ר. 
 

שלוש תחנות לטיהור שפכים פועלות כיום באזורים הסמוכים לנחל הירקון: ברמת השרון, בכפר סבא והוד השרון ובדרום השרון. באזור גוש דן השפכים מטופלים על ידי השפד"ן. דוגמאות לסכנה הנשקפת לנחל קיבלנו בשנים האחרונות פעם אחר פעם בשורת זיהומים בשל הזרמת שפכים, בעקבות קיבולת נמוכה במכון הטיהור בדרום השרון, שהיה צר מהכיל את כמויות השפכים שעלו משמעותית.
 
"המתקן לטיפול בשפכים בדרום השרון גרם לזיהום מתמשך בנחל הירקון. הוא לא היה יכול לטפל בתוספת השפכים", מספר פרגמנט על מכת הזיהומים שעברה על הנחל ושהביאה לעתים למראות קשים של דגים מתים צפים וריחות צחנה. פרגמנט מספר עוד שבשנים האחרונות התגלה שחלק לא מבוטל מהזיהום בנחל בא מתוך הערים עצמן. עד כמה תשתיות הניקוז בערים אינן יעילות לעתים רואים כמעט מדי שנה לאחר הגשם החזק הראשון; המים בנחל מכוסים בסחף, ודגים מתים צפים בצפיפות בשל זיהום. 
 
בעבר הרחוק יותר גם היו מקרים של מפעלים תעשייתיים שהזרימו שפכים לירקון בשל תקלות והיעדר מערכת ניקוז יעילה. ואולם בשנים האחרונות הפכו התופעות האלה לנדירות יותר.
 
"אנחנו מתמודדים עם ירקון פחות נקי מכפי שהיה לפני חמש־שש שנים", אומר פרגמנט, ועם זאת מבהיר שלמרות הזיהומים הנקודתיים, נחל הירקון השתקם. "יש שיפור לאין ערוך לעומת מה שהיה ורואים שיפור גם באיכות המים ובאוכלוסיות הדגים, החי והצמחייה".
עוד תקציבים
 
כברת דרך ארוכה עבר נחל הירקון מאז אסון גשר המכביה, ב־14 ביולי 1997, כאשר בעת מצעד המשלחות לטקס הפתיחה של המכביה ה־15 באצטדיון רמת גן התמוטט גשר ארעי שהוקם מעל הירקון כדי לאפשר את מעבר חברי המשלחות. ארבעה מחברי המשלחת האוסטרלית נספו באסון ו־69 ספורטאים  אחרים נפצעו בדרגות שונות, רובם עקב חומרים רעילים שהיו בזמנו בירקון.
 
האסון גרם לזעזוע, ובישיבת הממשלה ב־5 בינואר 2003 גובשה תוכנית אב מקיפה ל"גאולת הירקון" בעלות של כ־55 מיליוני שקלים. בהמשך נוספו עוד תקציבים וגברה המודעות הציבורית לצורך לגאול את הירקון מהזיהום המתמשך, שהפך אותו בפועל לתעלת ביוב בקטעים נרחבים. החזון היה להחזיר את הירקון לימי זוהרו בתחילת המאה הקודמת.
 
במסגרת הפעולות המשולבות לשיקום הנחל אף הוקמה בשנת 2004 מערכת ניסיונית של בריכות אקולוגיות בגדה הדרומית של אתר שבע טחנות.
פעולות השיקום כללו גם את גדות הירקון, הצמחייה, הדגה והחי והזרמת מים שפירים לנחל, אם כי בכמויות פחותות מכפי שתוכנן התוכנית המקורית.
"היה מדובר בטיפול בשתי גדות הירקון, שאורכן הכולל הוא כ־56 ק"מ", מספר פרגמנט. בין מיני הדגים שהושבו בהצלחה לנחל המשתקם היו לבנון הירקון, נאווית כחולה, אמנון, צלופחים, קרפיונים ובורים". פרגמנט מבהיר כי הדיג באמצעות חכות בירקון מותר, אך נאסר דיג באמצעות רשתות.
 
במקביל שוקמו בתי הגידול והצמחייה לאורך עשרות קילומטרים. השיקום הביא גם להתרבות ציפורי שיר, קורמורנים, שלדג גמדי ואף ברווזים. בנוסף, הוקמו ושוקמו עשרות קילומטרים של שבילי אופניים ומסלולים להולכי רגל וכן הוקמו ארבעה גשרים להולכי רגל. 
 
גם הרשויות הסמוכות לירקון גילו את הפוטנציאל הטמון בהפיכתו לריאה אזורית ירוקה. הן טיפחו פארקים ופינות ירוקות בסמיכות אליו. "אנחנו רואים בשנים האחרונות התגברות בפעילות הספורט והנופש לאורך הירקון", אומר פרגמנט. "רואים התגברות של השיט בנחל ושל מטיילים וחובבי ספורט רבים לאורכו". הגידול המואץ במספר המבקרים והצמצום המתמשך בשטחים הירוקים הפתוחים בשל הבנייה, הביאו לשגשוג של אוכלוסיית התנים באזור הירקון. מספרם המוערך: 110.
 
תוכנית העבודה של רשות נחל הירקון, שעלותה מסתכמת השנה בכ־3.57 מיליון שקל, כוללת כ־1.1 מיליון שקל שיושקעו בשיקומו ובשחזורו של סכר שבע טחנות המיתולוגי שעל הגבול בין תל אביב לרמת גן. בנוסף, מצויות בשלבי ביצוע שונים עבודות להסדרת קירות עצי איקליפטוס לאורך הנחל במטרה למנוע את קריסתם (כחצי מיליון שקל) ולאיסוף ופינוי פסולת סחף (כ־250 אלף שקל). בתוכנית העבודה לשנת 2020 יינתנו דגשים לקידום המיזם לסגירת קטעים ממרחב הירקון לכלי רכב ממונעים. עוד בתכנון: פעולות פרטניות למניעת זיהום, שיקום אקולוגי, ניטור ומחקר, טיפול בטיחותי בעצים, נטיעות ופיתוח קשרי קהילה.
 

"הירקון הופך לציר של פארקים, וחייבים לשמור עליו", אומר פרגמנט על רקע האתגרים הדרמטיים של השנים הבאות, שההתמודדות איתם תהיה בדרג המוניציפלי והלאומי.