הליך השיקום של 45 יישובים הממוקמים עד 7 ק"מ מגבול רצועת עזה יימשך על פי ההערכות לפחות חמש שנים, והוא יחולק לשלושה שלבים. בראש המנהלת עומד תא"ל במיל משה אדרי, המכהן כיו"ר הוועדה לאנרגיה אטומית.
בשלב הראשוני מועסקים למעלה ממאה עובדים במנהלת, לצד מתנדבים. המועצות שיכללו בשיקום הן: חוף אשקלון, שער הנגב, שדות נגב, אשכול וכן העיר שדרות. תכנית השיקום מההרס תתבצע בשלושה שלבים: השלב הקצר, הנוכחי, הוא שלב ההתאוששות. שלב זה כולל טיפול וסיוע למפונים ולצורך כך מונו רכזים ביישובים, שביחד עם ראשי היישובים והמועצות יממנו צרכים מידיים מעבר ללינה. לכל יישוב הוקצבו בשלב הראשון שני מיליון שקלים. בהמשך תהיה הקצבה נוספת.
השלב השני במסגרתו יפונו קהילות וייקלטו בקיבוצים ומושבים וייתכן אף למתחמים בערים. המפונים יוכלו להתגורר במה שהוגדר קרווילות משודרגות, והן יישארו שם עד החזרה לבתים שישופצו וישוקמו. את חלקם של הבתים יהיה צורך לבנות לחלוטין מחדש. היעד הלאומי הוא להרחיב את היישובים ולהפוך את אזור עוטף עזה לחבל פורח תוך מתן דגש על הביטחון.
השלב השלישי יחל עם החזרה לבתים החדשים. השאיפה היא להרחיב את היישובים ולקלוט משפחות רבות נוספות. במנהלת העריכו שהרחבת היישובים והחזרת כל המפונים תתאפשר רק כאשר יהיה ביטחון אישי מלא בגזרה – דבר שייגזר על פי תוצאות המלחמה.
בשלב הראשונה הקצתה המדינה כמיליארד שקל למנהלת. בתוך 45 ימים תוצג התוכנית הכוללת הרב-שנתית, שעלותה מוערכת במיליארדים רבים של שקלים. המנהלת תטפל בקיצור לוחות זמנים, בסיוע ובהוצאת היתרי בניה וכן התגברות על חסמים ביורוקרטיים. מבין המועסקים במנהלת ביישובים יהיו רק תושבים מהעוטף, והם יפעלו בתיאום עם ראשי היישובים והמועצות.
לנוכח האבדן הכבד והנזקים, במקביל לשיקום הפיזי, יהיה צורך לבצע שיקום במרקם החיים של רבים תוך מתן דגש על היבטים נפשיים, חברתיים וחומריים, במטרה ליצור צמיחה. למנהלת ניתנו סמכויות רחבות והיא כפופה למשרד ראש הממשלה ותעבוד בתיאום עם משרדי הממשלה וגופים נוספים, בהם רשות מקרקעי ישראל. במנהלת הדגישו כי חשוב ליצור אמון, לאחר שזה נשבר בשל תחושת היעדר הביטחון. היו כבר כאלה שהביעו בשיחות ראשוניות על נציגי המנהלת שהם מעוניינים לחזור אבל "לא רוצים ממ"דים", כסמל לכך שהפעם יחזרו לעוטף רק שבאמת יובטח הביטחון. "חיזוק היישובים והפיכת החבל למשגשג ופורח יהיה הניצחון שלנו על חמאס", אמרו במנהלת, "ולצורך כך נצטרך ליצור מסלולים ירוקים לקידום מהיר של הליכים עם פחות רגולציה".
במנהלת הבהירו כי בינתיים יש שיתוף פעולה מלא וגיבוי, וכספים שמועברים לראשי יישובים ניתנים להם על מנת לענות על צרכים מידיים. במנהלת יקצו גם חמישה חשבים שייפקחו על תקינות ההליכים והסרת החסמים. במנהלת הבהירו שהיכן שיהיה צורך יוצאו מכרזים לביצוע עבודות בהיקפים גדולים. האוצר העביר בינתיים כמקדמה כ-100 מיליון שקל למנהלת, ותוך כחודש אמור האוצר להעביר 900 מיליון שקלים נוספים. הסכום הסופי ייקבע לאחר הצגת התוכנית האסטרטגית תוך 45 יום ואישורה על ידי הממשלה.
במנהלת הוקמו יחידות יעודיות לטיפול בקהילות, בעסקים ובבינוי והובהר שיש קשר עם רשות המסיים, במטרה להקל על הליך הפיצוי. עוד צוין כי הליך הפיצוי עשוי להיות בקיבוצים וביישובים על פי פיצוי כולל לכל יישוב ולא באופן פרטני, וזאת על מנת לחסוך בהליכים ביורוקרטיים ולאפשר הזרמה כספית מהירה. "יש פה אתגר לאומי שלא נראה כמותו, ונרתמו לכך רבים", אמרו במנהלת, "אנחנו רוצים לראות בסיום ההליך חבל משגשג ומורחב".