שעות ספורות לאחר פרוץ מלחמת חרבות ברזל, ב-7 באוקטובר, מגילות קומראן הוסרו מהתצוגה בהיכל הספר במוזיאון ישראל בירושלים והועברו לחדר מוגן. העברתן נעשתה לנוכח החשש מפגיעה בהן, על רקע המלחמה ואפשרות לאירוע ביטחוני, כמו הפצצה, שעלול היה לפגוע בממצאים הנדירים.
גילוי המגילות העתיקות בנחל צאלים, על המצדה שבמדבר יהודה ובאתרים נוספים באזור, נחשב לאחד מהממצאים הארכיאולוגיים החשובים ביותר בארץ ישראל ויש להן חשיבות היסטורית בינלאומית. זאת מאחר והן מכתבי היד העבריים הקדומים ביותר שנמצאו וממחישים את הקשר בין עם ישראל לארץ ישראל.
התעוררתי בבוקר עם דמעות בעיניים, ואחרי שהאזנתי לינון מגל התעלפתי
"שיחה קשה, נאטם מול הביקורת": הפגישה הקשה של ברק חירם עם המשפחות השכולות בבארי
במקביל להעברת המגילות הנדירות לחדר המוגן, היכל הספר במוזיאון ישראל נסגר למבקרים. עשרה חודשים לאחר פרוץ המלחמה, הודיע מוזיאון ישראל, כי בעקבות פניות רבות שהתקבלו, היכל הספר שוב יפתח למבקרים, החל מיום חמישי (1 באוגוסט). בהיכל הספר שייפתח יוצגו העתקים של חלק ממגילות קומראן העתיקות שמאוחסנות בחדר המוגן, ביניהן מגילת בני אור ובני חושך, מגילת פשר חבקוק וזאת, לצד עותק של מגילת ישעיהו, שמוצג דרך קבע במרכז ההיכל.
היכל הספר במוזיאון ישראל שימש במשך שנים ארוכות כמקום משכנן של מגילות קומראן – כתבי היד הקדומים ביותר של המקרא, המהווים אוצר לאומי ונכס תרבות בעל חשיבות עולמית.
עד לפרוץ המלחמה, הביקור בהיכל הספר הזמין את המבקרים למסע מרגש העוקב מקרוב אחר גלגולו של ספר הספרים – ממגילות קומראן, שנמצאו במדבר יהודה ושופכות אור על החברה היהודית בארץ ישראל בימי בית שני, דרך סיפורם של אנשי הכת היהודית הבדלנית בקומראן ועד לסיפורו של כתר ארם-צובא – שחוקרים רואם בו את הנוסח הקרוב ביותר לתנ"ך.
"הביקור בהיכל הספר מזמין בהיכל הספר מזמין את המבקרים למסעות רבים אחר גלגולו של ספר הספרים, ביניהם מגילות קומראן, שנמצאו במדבר יהודה ושופכות אור על החברה היהודית בארץ ישראל בימי בית שני", ציינה מנכ"לית המוזיאון, אוה מדז'יבוז' לוי.