משבר עבודות הרכבת בשבת הגיע היום (שלישי) לפתחו של בג"ץ, שבפסיקה זמנית קבע כי אין לעצור אותן, וכי עצירתן על ידי ראש הממשלה, בנימין נתניהו, אינה עומדת בקנה אחד עם החוק. בהחלטה נכתב כי "סמוך לפני כניסת השבת האחרונה, התקבלה הוראה לרכבת ישראל להפסיק את כל עבודות התשתית והתחזוקה המתוכננות לסוף השבוע. הוראה זו ניתנה בחוסר סמכות ועל כן היא בטלה ומבוטלת.
מי שהגישה את העתירה היתה חברת הכנסת זהבה גלאון, שביקשה לתת צו ביניים המורה לרכבת ישראל 'שלא להידרש לכל הוראה בנוגע לעבודות התשתית והתחזוקה של הרכבת אשר ניתנו לה וזאת עד להכרעה סופית בעתירה'. יצוין כי ההוראה לא צורפה לעתירה, וככל הנראה ניתנה בעל פה. בתגובת הרכבת לעתירה היא אינה מתנגדת למבוקש.
עוד נכתב בתגובת המשיבים כי "ההיתר לעבודה בשבת שניתן לרכבת ישראל זה מכבר (ביום 16.8.2016), הוא היתר חודשי לכלל חודש ספטמבר 2016. צוין בתגובה כי 'ביכולתה של רכבת ישראל להחליט באלו שבתות לנצל ההיתר, וכיצד', וכן נאמר כי "ההיתר לא בוטל או הותלה והינו בתוקף, ומשכך רשאית רכבת ישראל לעשות בו שימוש כל עוד לא הותלה או בוטל".
ח"כ גלאון: "זה ניצחון אדיר"
יו״ר מרצ, זהבה גלאון, הגיבה על צו ביניים שהוציא בית המשפט: ״מדובר בניצחון אדיר. בג״ץ לא קיבל את הטענה עזת המצח של הפרקליטות שמדובר ב״נושא תיאורטי״, והוא מבקש לזמן דיון בהרכב בהקדם, כדי לקבל הסברים לגבי התנהגותו הבלתי חוקית בעליל של ראש הממשלה". גלאון הוסיפה: "בית המשפט בצו ביניים קיבל את עמדתי שהוצגה לו באמצעות עוה"ד דפנה הולץ-לכנר במלואה עוד לפני קיום דיון בעתירה ונתן את צו הביניים שביקשתי".
כזכור, ביום שבת עתרה ח"כ גלאון לבג"ץ בבקשה לחדש באופן מיידי את עבודות התשתית שתוכננו ברכבת ישראל למהלך השבת והופסקו דקות לפני כניסתה בהוראת ראש הממשלה בנימין נתניהו. גלאון דרשה כי בית המשפט העליון יוציא צו ביניים לביטול ההחלטה שקיבל ראש הממשלה בטענה שהוא חרג מסמכותו וכי העבודות בשבת אושרו כדין על ידי משרד העבודה.
ביום שני הודיע שר העבודה כץ לבכירי משרדו כי מעתה משרד העבודה בלבד יאשר את מתן ההיתרים לעבודה בשבת וכי בכל שבוע ידונו מחדש בהיתרים של סוף השבוע הרלוונטי. דחיית העבודות שתוכננו ברכבת גרמו לאחר מכן לכאוס תחבורתי כאשר נאלצו ברכבת ישראל להשבית את קו תל אביב-חיפה ביום ראשון שנחשב ליום העמוס ביותר בשבוע.