לאחר מאבקים ממושכים, קבעה הוועדה המחוזית לתכנון ובנייה בירושלים, כי "הקו הכחול" של הרכבת הקלה יעבור לאורך רחוב עמק רפאים בעיר. במסגרת ההחלטה לאשר את התוכנית, ציינו חברי הוועדה כי שוכנעו שחלופת עמק רפאים מציעה את תוואי הרכבת הקלה הטוב ביותר עבור כל תושבי ירושלים, הן מבחינה תחבורתית והן מבחינה עירונית.
"התוואי המוצע מייצר חיבור ישיר של דרום-מערב ירושלים אל מרכז העיר, ומשפר מאוד את רמת השירות של התחבורה הציבורית לאזור זה", הם ציינו עוד כי "התוואי ישפר מאוד את רמת הנגישות התחבורתית אל רחוב עמק רפאים ואזור 'המושבות' בירושלים והוא יפתח את רחוב עמק רפאים כמוקד עירוני של תרבות, פנאי ומסחר תוך שיפור משמעותי של הסביבה העירונית".
הוועדה קבעה עוד בהחלטתה, כי המסילה המוצעת תעבור לאורכו של הרחוב מבלי לפגוע במבנים ההיסטוריים, ותוך פגיעה מצומצמת מאוד בעצים הוותיקים הגדלים כיום באזור. תוואי הרכבת בעמק רפאים, שאורכו כקילומטר, מחבר בין צומת הרחובות עמק רפאים ודרך בית לחם (בצפון) לבין צומת אורנים (בדרום) והוא כולל הקמה של תחנת נוסעים במרכז הרחוב.
בנוסף, מציעה התוכנית שינוי בהסדרי התנועה ברחוב, אשר יצמצמו משמעותית את התנועה החולפת הרבה העוברת כיום ברחוב וגורמת למטרדים סביבתיים קשים באזור. בחלקו הצפוני של הרחוב תפעל הרכבת באמצעות מסילה בודדת, וזאת בכדי שלא לפגוע בגישת רכב פרטי לתושבי הסביבה.
מקטע עמק רפאים משלים את תוואי "הקן הכחול" של הרכבת הקלה המקשר את אזור דרום ירושלים - ובפרט את שכונת "גוננים" - אל מערכת הסעת ההמונים ברכבת קלה בירושלים. הוועדה המחוזית קיימה הליך מורכב שכלל הערכה של חלופות רבות, ובהן מעבר המסילה באזורים אחרים בעיר, חלופות שונות למינהור הקו, מעבר התוואי לאורכו של "פארק המסילה" ואף הצעה שלא לבצע כלל את המקטע זה.
הוועדה המחוזית קבעה, כי בהיבט התחבורתי, החלופה מציעה פתרון תחבורתי למערכת הרכבת הקלה, בכך שהיא משלימה את שלוחת מלחה של הקו הכחול, ומאפשרת את חיבור שכונות דרום העיר לרשת הרכבת הקלה. בהיבט הסביבתי, סבורה הוועדה כי בטווח הארוך, חלופת עמק רפאים היא העדיפה ביותר מאחר ותביא להפחתה ניכרת בזיהום האוויר וברעש ברחוב עמק רפאים בשל הצמצום המשמעותי בשימוש של כלי הרכב.
עוד צוין בהחלטה, כי בהיבט האורבני, הרכבת תביא להפחתה דרסטית של רכבים, משאיות ואוטובוסים ברחוב ותהפוך את הרחוב לנעים יותר לשהייה. "מעבר הרכבת הקלה בעמק רפאים, יביא לחשיפת רבה של הרחוב לנוסעי הרכבת, בעוד שהחלופות האחרות מונעות את החשיפה הזו ממי שעמק רפאים אינו היעד שלו. חלופה זו אף מחזקת את האופי של הרחוב כרחוב היסטורי", ציינה עוד הוועדה המחוזית בהחלטתה.
מתכננת מחוז ירושלים שירה תלמי-באבאי, הדגישה את תרומתו הרבה של הקו הכחול לירושלים: "מדובר בתוכנית המצעידה את העיר קדימה ותתרום לחיזוקה הכלכלי והחברתי של ירושלים. התוכנית מאפשרת לוועדה המחוזית לקדם את פיתוח העיר, תוך השענות על מערכת תחבורה ציבורית יעילה לצד פיתוח מוקדי תעשיה, תעסוקה ומסחר. הקו צפוי לשפר באופן משמעותי את מערך התחבורה הציבורית בעיר ואת הקשר בין חלקיה".