שש שנים לאחר שנחתם הסכם בין מספנות ישראל לרכבת ישראל, ולמעלה משנה וחצי לאחר תחילת העבודות, החל לפעול מסוף רכבות המשא במספנות ישראל בחיפה. המסוף, בו הושקעו למעלה מ-15 מליון שקל, נועד לאפשר שינוע סחורות מנמל המספנות, לכל רחבי הארץ. במספנות ישראל ציינו כי מעבר ליעילות התפעולית, רכבת אחת שקולה לכ-70-60 משאיות. "שינוע הסחורות ברכבת יתרום להפחתת עומסים בכבישים, להגברת הבטיחות ולצמצום זיהום האוויר", ציינו עוד במספנות ישראל.
הרכבת הראשונה שיצאה ממספנות ישראל כללה מטען של גלילי פלדה ששונעו ישירות למסוף המטענים נאות חובב שברמת חובב בנגב. במספנות ישראל אומרים כי במהלך כל ההליך התקיים שיתוף פעולה הדוק עם הנהלת הרכבת, בראשות היו"ר משה שמעוני, המנכ"ל צ'יקו זנה ועובדי הרכבת, שקידמו את הפרויקט במהירות וביעילות.
קבוצת תעשיות מספנות ישראל, בשליטת שלומי פוגל, סמי קצב ומשפחת שמלצר ובניהולו של צביקה שכטרמן, פועלת בארבע תחומים עיקריים באמצעות חברות-בנות: התעשייה הימית (מספנות), הנמל (טעינת ופריקת מטענים), תחום המלט ומוצרים לענף הבנייה והספקת שירותי הובלה ימית של מטענים ברחבי העולם באמצעות צי אוניות בבעלות הקבוצה. בנוסף, היא מעניקה שירותים לוגיסטיים ותמיכה לתעשיית קידוחי הגז והנפט. פעילות הרכבות תבוצע באמצעות חברת בת חדשה בשם "מרכבי ישראל" בניהולו של פיני פרנקו.
על פי ההסכם שנחתם בין מספנות ישראל ובין רכבת ישראל בשנת 2019, תעשיות מספנות ישראל ביצעה ומימנה את הקמת השלוחה בשטח מספנות ישראל, הכוללת שלוש מסילות באורך כולל של כ-1.5 ק"מ. במקביל, הרכבת הקימה את מערכת המסילות המחברת בין רשת המסילות לשלוחת מספנות ישראל. העבודות החלו במחצית שנת 2023, וכאמור היום יצאה הרכבת הראשונה.
לדברי צביקה שכטרמן, מנכ"ל תעשיות מספנות ישראל: "מסוף הרכבות יאפשר למספנות ישראל לשנע לכל רחבי הארץ את כלל הסחורות הנפרקות בנמל: פלדה לסוגיה, צוברים יבשים, מלט, מוצרי גרעינים, וסחורות נוספות הנפרקות בנמל בהעמסה ישירות משטח הנמל, לרכבת, תוך יעילות מרבית וקיצור לוחות הזמנים עבור היבואנים. הוא ציין עוד, כי חיבור נמל מספנות ישראל לרכבת יאפשר גם ליצואנים בדרום לייצא סחורות דרך נמל מספנות ישראל, באמצעות שינועם ברכבות לצפון, מהלך שבמקרים רבים לא היה כלכלי כאשר היה צורך לשנע סחורה במשאיות".
בימים אלה מספנות ישראל מקדמת פרויקט של הקמת ממגורות תבואה בהיקף של כ-300 מיליון שקל, אשר בנייתו צפויה להסתיים במהלך 2025. עם תחילת פעילות הממגורות, תשתית הרכבת כאמור תוכל לשמש גם לשינוע גרעינים ומוצרי גרעינים שיפרקו בממגורות לכל רחבי הארץ, ובכך להבטיח שינוע כמויות גדולות של מטען, ביעילות וללא תלות בזמינות משאיות.
