בהכרעה על אחת מאבני הנגף בין המשרד להגנת הסביבה, משרד התחבורה ורכבת ישראל, על פרויקט הקמת הרכבת לאילת, נרשם ניצחון לשוחרי איכות הסביבה. הוועדה המחוזית דרום לתכנון ובנייה קיבלה את עמדת הירוקים, לפיה רכבת ישראל תצטרך לעבות את תסקיר ההשפעה על הסביבה של הפרוייקט, ולהוסיף תסקיר גם על השפעת הובלת חומרים מסוכנים בתוואי המסילה שיוקם.
"הרכבת לאילת צפויה להעביר חומרים מסוכנים על גבי המסילה שעוברת בתוך באר שבע, 25 מטרים בלבד מבתי תושבים" מדגישים במשרד להגנת הסביבה. מנכ"ל המשרד, דוד לפלר, אמר כי "אין כל סיבה שמאות טון של חומרים מסוכנים יעברו באמצע באר שבע ואפילו לא ידונו בהשפעות ובדרכים למנוע אירועים מסוכנים. אנחנו שמחים שהתעקשותנו על כך הביאה להחלטה שהתקבלה".
המחלוקת החלה במהלך כהונת השר להגנת הסביבה לשעבר, עמיר פרץ, שהוביל את ההתנגדות לאישור מהיר של תוואי הרכבת לאילת, בין היתר בטענה שהדבר יביא להרס הטבע בנגב ללא תכנון קפדני של הובלת מטענים וללא בחינת חלופות להקמת מסילה כפולה כמתוכנן.
פרץ הגיש ערר על ההחלטה בנושא באוקטובר אשתקד, אבל בתחילת 2014 אישרה ועדת השרים לענייני פנים את החלטת הממשלה להקים מסילת ברזל של 260 ק"מ בין באר שבע לאילת. בנתיים סוכם כי בשנת התקציב הבאה, יצומצם תכנון הפרויקט למשך שנה, כחלק מהקיצוץ במשרדי הממשלה.