חולשות פנים-משרדיות במתן פתרון כולל למחסור באיוש משרות בשירות החוץ, כך עולה מממצאי דוח הביקורת של מבקר המדינה, יוסף שפירא, לגבי משרד החוץ. המבקר מצביע על כך שבמשרד קיימת בעיה בנושא, בעיקר בנציגויות בחו"ל, ובמתן מענה לצורך לשבץ עובדים לתפקידים מתאימים במטה.
המשרד אינו מגייס צוערים בהתאם לצרכיו, בין היתר, נוכח איוש תקני שירות החוץ בעובדי השירות המינהלי אשר חלק ניכר מהם אינו כשיר לשרת בנציגויות. הליך קידום העובדים בדרג חורג מהוראות התקשי"ר ומהנחיות היועץ המשפטי לממשלה בעניין ועדות מכרזים. תכנית הרפורמה הארגונית המקיפה שהנהלת המשרד אימצה בשנת 2011 ושהוצגה לפני נציבות שירות המדינה בשנת 2012 מנסה אמנם להתמודד עם הכשלים שמצאו בניהול כוח האדם, אולם תהליך אישור יתר מרכיבי תכנית הרפורמה לא קודם על ידי הגורמים הרלוונטיים, עקב סכסוך עבודה שנמשך ממרץ 2013 ועד נובמבר 2014.
"כדי לשפר את ההתמודדות של המשרד עם האתגרים העומדים לפני המדינה בתחום יחסי החוץ, עליו לטפל בליקויים שנמצאו בתכנון ובניהול של משאבי האנוש שלוב מבקר המדינה, זאת באמצעות קידום תכנית הרפורמה הארגונית בשיתוף הגורמים הממשלתיים הרלוונטיים או בדרכים מועילות אחרות שתבחן הנהלת המשרד.
בד בבד, על המשרד למלא את הוראות התקנון בעניין קליטת עובדים בשירות החוץ, לשקול לאתר מועמדים מתאימים מחוץ למשרד למשרות בנציגויות שלא עלה בידו לאייש בעובדיו, ולהימנע מלמנות עובדים בלתי כשירים למשרות בשירות החוץ במטה ובנציגויות.
ממשרד החוץ נמסר בתגובה: "המשרד עובד בתאום עם נציבות שירות המדינה וכי מכך אין במעבר לשירות החוץ אישור לשירות כדיפלומט בחו"ל, אלא מדובר במערכת של הסכמי עבודה. על פי כללי משרד החוץ שאושרו גם בנציבות, במשרד המשפטים ובאוצר, על עובד שמעוניין להתמנות לתפקיד בחול, מבין אלו שעברו לשירות החוץ מנהלי, לעמוד בתנאי סף מחמירים כגון השכלה אקדמאית, מבחני שפה, וועדת קבלה וקורס הסמכה וזאת עוד טרם רשאי להגיש את מועמדותו. ולכן, הנתון הזה כפי שמוצג שגוי והמשרד דווקא מקפיד ומחמיר בדרישותיו לגבי מי רשאי לשרת בחול".