בפרק הביקורת שלו על המשרד להגנת הסביבה מתמקד השנה מבקר המדינה בהיערכות המשרד כגורם מנחה ומתכלל לקראת אירועי חומרים מסוכנים המהווים סכנה לבריאות הציבור ולשלומו. בחודשים מרץ עד אוקטובר 2015 בדק מבקר המדינה היבטים בפעילותו של המשרד ושל גורמים נוספים למניעת אירועים סביבתיים ולטיפול באירועים כאלה ומצא כי כ-200 מהעוסקים בחומרים מסוכנים (חומ"ס) פועלים ללא היתר רעלים בתוקף. מדובר על 5% מהעוסקים בתחום. כמו כן, בחלק מהמקרים חודש היתר הרעלים ללא ביצוע סיור מקדים או בלי בדיקה לעומק. של העמידה בדרישות לקבלת ההיתר. לטענת המבקר לאחר מתן ההיתר מהמשרד להגנת הסביבה כמעט ולא מתבצעים סיורי פיקוח וסיורי פתע במהלך תקופת ההיתר כדי לבחון את תנאי העמידה בו. 

אחת הסוגיות המהותיות שמעסיקות את קהילת הסביבה בישראל היא הקרבה בין מתקני חומרים מסוכנים לריכוזי אוכלוסייה, לאחר שמיכל האמוניה בחיפה הפך כבר לסמל של המאבק הזה. מיכל שלמרות תכניות והבטחות של המשרד להגנת הסביבה בשנים האחרונות, העתקתו מתעכבת. התעשיות הפטרוכימיות במפרץ חיפה והמאבקים המתמשכים של פעילי וארגוני סביבה למען הרחקתם מהאזור הם עוד סמל בולט של המאבק נוכח הנתונים השנויים במחלוקת של שלל מחקרים ודוחות לאורך השנים באשר להשפעתם על תחלואה ותמותה באזור.

"המשרד להגנ"ס מיישם את המדיניות שנקבעה לגבי מרחקי ההפרדה (בין מפעלים מסוכנים לריכוזי אוכלוסייה) בעצלתיים. המחוזות אינם עומדים בנטל של בדיקת הסקרים של המפעלים לגבי מרחקי ההפרדה, אינם אוכפים על המפעלים את הכנת הסקרים וכן אינם אוכפים עליהם, במסגרת קבלת היתר הרעלים או חידושו, את ביצוע הפעולות הנדרשות לעמידה במרחקי ההפרדה שנקבעו" קובע המבקר. 
בהמלצותיו מתייחס המבקר באופן ספציפי לאזור וכותב: "לגבי אזור מפרץ חיפה, על השר להגנת הסביבה והמשרד להגביר את הפיקוח על מקורות פליטה נייחים באזור זה, בין היתר באמצעות הגדלת מספר סיורי הפיקוח ומספר בדיקות הפתע; ולבצע עד סוף 2016 סקר סיכונים מצרפי בנוגע למפעלים ולמתקנים העוסקים בחומ"ס באזור ובנוגע לשינוע חומ"ס (חומרים מסוכנים) מהמפעלים ומהמתקנים האמורים ואליהם".

המשרד: "מרבית הליקויים שנמצאו בדוח המבקר מצויים זה בהליך הטמעה"

אחת הסוגיות המטרידות שעלתה לסדר היום הציבורי לאחר תאונת הרכבות שנשאו ברום ליד דימונה היא ההבטים של שינוע חומרים מסוכנים בישראל. למרות פעולות נחרצות ומהירות של משרדי הגנת הסביבה והתחבורה סביב התאונה, מתריע המבקר כי גם בסוגייה זו, כמו בכל סוגייה כמעט הדורשת שיתוף פעולה בין משרדי בממשלה, הטיפול המערכתי נופל בין הכסאות וכותב: "היות ששינוע חומ"ס מחייב הן היתר רעלים מהמשרד להגנ"ס והן רישיון מוביל ממשרד התחבורה, קיימות אי התאמות בכללי הרישוי בנושא זה".

גם בנושא המניעה של אירועי חומ"ס (חומרים מסוכנים)מתריע המבקר כי משרד הגנת הסביבה ומינהל הבטיחות במשרד הכלכלה ממעטים לשתף פעולה בהסדרה, פיקוח ואכיפה בתחום. על יחידת התחקירים שהקים המשרד להגנ"ס לאירועי חומרים מסוכנים כותב המבקר כי זו עדיין מצויה רק בשלבי התארגנות וטרם גיבשה שיטה סדורה לביצוע התחקירים. 
על אירועים רדיולוגיים, ובכלל זה אירועים של דליפת חומרים רדיואקטיביים (למשל מהקמ"ג בדימונה) מתריע המבקר: "קיימת אי בהירות בנוגע לגורמים האחראים לטיפול באירועים מסוג זה. לגבי משימת גילוי החומר, אף שהמשרד להגנת הסביבה אחראי לביצועה של משימה זו, בפועל הוא מתקשה לבצע אותה. לגבי רשות הכבאות וההצלה הארצית, היא טרם קיבלה אחריות לביצוע משימת הגילוי, וגם המשטרה טרם קיבלה אחריות לפיקוד ולשליטה על אירועים רדיולוגיים". 
הדוח מציין גם את מסקנותיה של ועדה ציבורית בראשות אלוף במיל. הרצל שפיר שהמליצה על הקמת מערכת התראה לאומית מפני אירועי חומרים מסוכנים שהטיפול בהקמתה נמשך למעלה משבע שנים ועדיין נמצאת רק בשלבי איפיון ראשוניים והוא מתריע על כך בפני המשרד להגנת הסביבה, המועצה לביטחון לאומי, פיקוד העורף, המשרד לביטחון הפנים, משרד הביטחון ומשרד האוצר. 
מהמשרד להגנת הסביבה נמסר בתגובה: "דוח המבקר נבחן על ידי אנשי המקצוע במשרד ומקריאת הדוח, עולה כי מרבית הליקויים שנמצאו בדוח המבקר מצויים זה מכבר בהליך של הטמעת ההמלצות: פיקוח על מחזיקי חומרים מסוכנים – המשרד הגביר בשנה האחרונה את הפיקוח על מחזיקי חומרים מסוכנים. לרבות, הפעלת תכנית פיקוח ארצית וביצוע מבצעי אכיפה על מחזיקי חומרים מסוכנים. מרחקי הפרדה בין מפעלים מסוכנים ובין אוכלוסייה – המשרד האיץ את יישום מדיניותו בנושא מרחקי ההפרדה בין מקורות סיכון לבין אוכלוסייה, אשר נועדה לתת הגנה על בריאות הציבור ועל הסביבה מתוצאות אירועי חומרים מסוכנים בשגרה.
 
תחקירי אירועי חומרים מסוכנים – המשרד סיים זה מכבר להקים את יחידת התחקירים לאירועי חומרים מסוכנים באגף חומרים  מסוכנים, לצורך צמצום הישנות אירועי חומרים מסוכנים ושיפור מענה גופי החירום. ריכוז והנגשת מידע על אירועים ומפגעים סביבתיים לגופי חירום ולציבור - המשרד במסגרת היותו המנחה הלאומי לחומרים מסוכנים פועל להעמקת ולהנגשת הידע המקצועי בנושא החומרים המסוכנים לגופי החירום. כמו כן,  מפרסם המשרד את כלל המידע שברשותו לציבור בהתאם לדרישות חוק חופש המידע. המשרד ימשיך לפעול להטמעת ההמלצות המבקר".