שיבושים קשים בתנועת הרכבות נרשמו החל משעות הבוקר במספר קווי נסיעה (שני) לאחר במהלך הלילה סטה מהמסילה אחד הגלגלים של קטר רכבת מטען וגרם לנזק המחייב החלפה ותיקון. נוסעים רבים שהגיעו הבוקר אל תחנות הרכבת טענו כי לא עודכנו על השינויים ברכבות וכי נאלצו באמצע הנסיעה לרדת מהקרון ולמצוא בעצמם פתרון חלופי. אחד מהנוסעים הללו הוא עירם נתניהו, שיצא בשעה 8:15 ברכבת מבת ים לכיוון צפון. בשיחה עם גל"צ הוא סיפר הבוקר: "כשהגענו לתחנת תל אביב ההגנה הודיעו לנו פתאום שצריך לרדת מהרכבת, בלי הסברים. התברר שחסמו את הציר ואי אפשר היה להמשיך הלאה. אבל כשעלינו לרכבת לא הודיעו לנו מראש על כך".
בהמשך תיאר הנוסע התנהלות לא מסודרת שיצרה בילבול בקרב העוברים והשבים: "לא הכווינו אותנו לשום אמצעי תחבורה אלטרנטיבי. היו שם צעקות וכמעט דרכו שם על מישהי, בלאגן איום ונורא ותוסיף לזה את העובדה שיורד גשם ויש פקקים. חיכינו המון זמן. זה נשמע לי מחדל - אם ידעו על זה אתמול בלילה איך לא הודיעו לנו בבוקר? זו נסיעה שאמורה לקחת לי 50 דקות - לקח לי להגיע כמעט שעתיים מהבית לעבודה - מי יחזיר לי את הזמן הזה?".
גם ענבל קופרמן, נוסעת נוספת שהשתמשה בשירותי הרכבת, סיפרה בגל"צ על הבוקר שלה: "עליתי מבאר שבע לרכבת שהייתה אמורה להיות ישירה לחיפה, אך כשהיא התחילה לנסוע אמרו שיש שיבושים ושצריך לרדת בתל אביב ולהחליף רכבת. היה שם עומס מאוד גדול של אנשים וזה גם חנוכה אז יש הרבה אנשים ובלאגן בלי קשר". לדבריה, "אני נוסעת בדרך הזאת באופן קבוע והרבה פעמים יש עיכובים ותקלות בלתי צפויות, הם היו צריכים לשים סדרנים שיכוונו אותנו. אני נמצאת למעלה משעתיים בנסיעה ולא יודעת עדיין מתי אגיע לחיפה".
כאמור, במהלך הלילה, סמוך לשעה 2:00, סטה ממסילתו אחד הגלגלים של קטר רכבת שהוביל מכולות מצפון לדרום ליד תחנת שפיים. בעקבות כך נגרם נזק לקטע המסילה שחייבה החלפה ועבודות במסילה אחת מתוך השתיים.
מהרכבת נמסר כי צוותי הרכבת הגיעו למקום כבר במהלך הלילה והחלו לפעול לתיקון המסילה והחזרתה לתפקוד מלא מהר ככל שניתן. כמו כן נמסר כי הנהלת הרכבת תגברה את צוותי התחנות ואת הדיילים להכוונת הנוסעים במקום. מנכ"ל רכבת ישראל בפועל, בני לביא, הנחה על הקמת צוות בדיקה לנסיבות שהביאו לאירוע.
עיקר השינויים מורגשים הבוקר בתחנות הבאות: הרכבות מנהריה לבאר שבע יסתיימו בתחנת חיפה חוף כרמל, הרכבות מבאר שבע לנהריה יסתיימו בתחנת ת"א ההגנה,הרכבות מירושלים ומראשון לציון ראשונים יסתיימו בתחנת תל אביב ההגנה. בתחנות אלה, הנוסעים יחליפו רכבת להמשך נסיעתם ליעדם.