משרד מבקר המדינה מפרסם בתוך הדוח השנתי דוח מעקב נפרד שבדק את אופן תיקון הליקויים בעניין הטיפול בזרים שאינם בני הרחקה מישראל, אותם כ-40 אלף אזרחי אריתריאה, סודן ודרום סודן שהיגרו לארץ באופן בלתי חוקי ונמצאים בלב השיח המפלג את החברה הישראלית סביב היעדר מדיניות ההגירה של הממשלה ביחס אליהם. ישראל אינה יכולה לגרשם למדינות המוצא שלהם משום שגירוש כזה יהווה סכנה לחייהם ומנוגד לאמנת הפליטים של האו"ם עליה חתומה ישראל. דוח המעקב של המבקר מעלה תמונה מדאיגה.
"הגישה הפאסיבית של הממשלה כלפי מימוש זכויות הזרים בישראל פוגעת דווקא בשכבות החלשות מקרב הישראלים עצמם"
המבקר מציין כי הממשלה אמנם קבעה מדיניות לעידוד עזיבה של זרים (ששונתה באחרונה), אך לצד זאת זנחה את גיבוש המדיניות לטיפול בזרים שעודם שוהים בארץ. הדוח מותח ביקורת חריפה על הממשלה וקושר קשר ישיר בין הזנחתה של אוכלוסיית הזרים לבין פגיעה באוכלוסיות החלשות של ישראלים שבשכונותיהם וביישוביהם התרכזו מבקשי המקלט ממדינות אפריקה וכותב: "אף שעברו שלוש שנים ממועד פרסום הדוח הקודם בנושא, נראה כי הממשלה נוקטת גישה פאסיבית אשר פוגעת בעיקר בחלשים שבין הזרים והחלשים שבין אזרחי המדינה.

משרד ראש הממשלה טרם גיבש מדיניות כוללת לטיפול בהם, ומשרדי הרווחה והבריאות לא השלימו את קביעת המדיניות בעניין זה, כל אחד בתחומו. כניסתם של עשרות אלפי זרים לישראל ושהותם בה במשך שנים רבות יצרו מציאות מורכבת במקומות שונים בארץ".

המבקר מדגיש בהקשר זה כי על הממשלה לנקוט פעולות שימנעו את הפגיעה במערך חייהם של אזרחי המדינה עקב כניסת הזרים לארץ, ובד בבד להבטיח את זכויות האדם הבסיסיות של הזרים, כמתחייב מהחוק ומהדין הבין-לאומי. ומוסיף: "אזרחי המדינה והזרים המתגוררים בה כרוכים אלו באלו, והזנחה של בני הקבוצה האחת בידי המדינה מרעה את תנאי החיים של בני הקבוצה האחרת ופוגעת בהם. אי יישום המלצות מבקר המדינה בתחום הטיפול בזרים שאינם בני הרחקה השוהים במדינת ישראל זה זמן רב מאוד ואי סיפוק צורכיהם הבסיסיים, אינה פוגעת רק בחובה הבסיסית של המדינה לספק את צורכיהם הבסיסים של הזרים עצמם, אלא אף באזרחי המדינה, ובייחוד באזורים שבהם מתגוררים זרים רבים".
משרדי הרווחה והבריאות לא נותנים מענה לזרים
ביחס למשרד הרווחה כותב המבקר כי רק בשנת 2016, שנתיים לאחר פרסום הדוח הקודם, החל המשרד לפעול למיפוי צורכי הרווחה של זרים שאינם בני הרחקה. המיפוי לא היה שלם, שכן הוא לא כלל את צורכי הרווחה של זרים שאינם יכולים לעבוד ושל זרים שהיו קורבנות עינויים. ועל משרד הבריאות נכתב כי הפעולות שנקט בשלוש השנים הללו הן חלקיות ולא מספקות, שכן אין בהסדר הביטוחי, שעל הפעולות לגיבושו דיווח משרד הבריאות, מענה למי שאינו יכול לעבוד למחייתו ובכך לממן את הביטוח.
רשות ההגירה מנהלת מדיניות עמימות ביחס לזכותם של זרים להתפרנס ומקשה על מעסיקיהם
המבקר מדגיש את חשיבות יכולתם של הזרים שאינם ברי הרחקה לעבוד ולהתפרנס כדי להבטיח לעצמם תנאי מחיה בסיסייים כל עוד הם שוהים בישראל. משנת 2008 מדיניות הממשלה היא שלא לתת רישיון עבודה למהגרים הלא חוקיים, אבל מקיימת מאז הסדר אי-אכיפה עליו כותב המבקר: "יישום הסדר אי-האכיפה על ידי רשות ההגירה במשך זמן כה רב ובאופן המערים מגוון קשיים על זרים ועל מעסיקים פוטנציאליים, פוגע בעקרונות היסוד של שלטון החוק. גם לזרים שהאיסור על העסקתם אינו אמור להיאכף, אין מעמד ברור או מסמך המאשר כי מותר להעסיקם וההנחיות להם ולמעסיקים של רשות ההגירה מנוסחות באופן עמום".
בדוח מלפני שלוש שנים הבהיר המבקר כי "הטיפול בזרים שהגיעו בשנים האחרונות לארץ טומן בחובו מאפיינים של בעיה לאומית". שלוש שנים לאחר מכן, עדיין שוהים בישראל עשרות אלפי זרים שאינם בני הרחקה. "למרות זאת הממשלה לא גיבשה מדיניות כוללת לטיפול בזרים, ומנכ"ל משרד ראש הממשלה שב וציין כי אין כוונה לעשות כן. על שרי הרווחה, הבריאות, הפנים והמשפטים, לגבש בהקדם האפשרי הצעת החלטה עקרונית שיישומה יבטיח קיום מינימלי בכבוד של כלל הזרים שאינם בני הרחקה ולוודא שהיא תעמוד בדרישות הדין. על שרים אלו להביא את ההצעה לדיון בממשלה, בהתאם לנקבע בדוח הקודם".
בפרק הביקורת הטיפול במבקשי מקלט בישראל, נמצאו ליקויים רבים בהתנהלות רשות האוכלוסין וההגירה במשרד הפנים. "מדובר בפיגורים ניכרים בטיפול בבקשות ובעיכובים מתמשכים בבקשות מקלט של זרים שאינם בני הרחקה. הטיפול בכמחצית מכ-55,000 בקשות למקלט מדיני שהוגשו בישראל משנת 2009 ועד שנת 2017, טרם הסתיים. מתוך כ-2,500 בקשות של יוצאי חבל דארפור בסודן התקבלה החלטה רק בנוגע לשש מהבקשות".

ארגוני זכויות האדם בישראל יוצאים בעקבות הדוח בביקורת חריפה על מדיניות הזנחת הממשלה בטיפול באוכלוסיית מבקשי המקלט וקוראים לממשלה ליישם את המלצות המבקר. בהצהרה משותפת, קוראים הארגונים לממשלה להפסיק להתעלם מדו"חות מבקר המדינה ולגבש מדיניות סדורה והומנית שתיטיב גם עם מבקשי המקלט וגם עם תושבי דרום ת"א. "דו"ח המעקב של המבקר מוכיח, כי ממשלת ישראל ממשיכה לטמון את ראשה בחול ולהתעלם מהביקורת שלו בטיפול במבקשי המקלט.

למעלה מעשר חלף מאז כניסת ראשוני מבקשי המקלט לישראל ומעל לשלוש שנים מפרסום דוח המבקר המקורי וממשלת ישראל ובפרט משרדי הרווחה והבריאות, טרם גיבשו מדיניות ולמעשה נתנו ידם להמשך ההזנחה של עשרות אלפי בני אדם תוך פגיעה חמורה בשלומם ובאיכות חייהם. עצימת העיניים הזו פוגעת לא רק באוכלוסיית מבקשי המקלט, אלא גם בתושבי דרום ת"א. הדו"ח הוא קריאת השכמה עבור הממשלה לאמץ מיידית את המלצות המבקר לגבש מענים מערכתיים לטיפול בצרכיהם הרפואיים, הכלכליים והחברתיים של מבקשי המקלט ושל תושבי השכונות שבהן הם מתגוררים באופן שיסיר את העומס מהתשתיות בדרום ת"א ויאפשר חלוקה הוגנת יותר בנטל".

בשנים 2016-2015 המספר הגבוה ביותר של בקשות למקלט הוגש על ידי אזרחי אוקראינה – 7,583. על ידי אזרחי גאורגיה הוגשו באותן שנים 4,380 בקשות לקבלת מקלט בישראל. מקרב המסתננים מאריתריאה הוגשו 5,588 בקשות מקלט ומסתננים מסודאן הגישו 2,009 בקשות. מבקר המדינה קובע כי מבקשי מקלט נאלצים להמתין ברשות האוכלוסין במשך שעות עד לקבלת השירות ולעיתים התורים משתרכים גם מחוץ לבניין שבו שוכנים משרדי יחידת RSD  של הרשות, המטפלת בבקשות.

בדו"ח צויין עוד, כי קיים מחסור בכוח אדם ביחידה, דבר הפוגע ביכולתה להתמודד עם אלפי בקשות פתוחות המונחות על שולחנה זמן רב. 
עוד מומלץ לבחון דרכי פעולה גם בתחום השכר, שימנעו את עזיבתם של עובדים ביחידה למבקשי מקלט ויקלו על גיוסם של עובדים חדשים ליחידה.
מבקר המדינה גם ממליץ לשקול את מתן הפטור מאשרת כניסה לישראל לאזרחי מדינות שונות, גם בהיבט בקשות המקלט.