פינוי 15 המבנים במאחז נתיב האבות הסתיים לאחר כ-13 שעות, כך הודיעה הערב (שלישי) המשטרה. בפינוי השתתפו כ-2,300 שוטרים, ו-13 מהם נפצעו ברמות שונות, כאשר שישה אף פונו לקבלת טיפול רפואי. מלבד זאת, שלושה בני אדם נעצרו, שני קטינים ובגיר, לאחר שהשליכו חפצים לעבר הכוחות המפנים. מהמשטרה נמסר כי "משטרת ישראל נערכה לביצוע המשימה שהוטלה עליה באופן מסודר, על מנת לאפשר פינוי שקט ומכובד ולהימנע ככל הניתן מפגיעה במפונים או בכוחות הביטחון. השוטרים פעלו בסובלנות, תוך איפוק מקסימלי והידברות שנמשכה כל העת מול תושבי המקום וההנהגה המקומית והרוחנית, הכל בכדי למנוע חיכוך ולהשלים את ביצוע המשימה".
במקביל לפינוי, חסמו פעילי ימין את צומת גשר המיתרים בירושלים מספר פעמים במחאה על הפינוי, ובבית האחרון ביישוב התבצרו מאות צעירים שהתנגדו לפינוי, נלחמו בכוחות המפנים והשליכו עליהם אבנים, בקבוקים וחפצים אחרים. כתוצאה מכך נפגעו שלושה שוטרים, שניים בראשם ואחד ברגלו. פינוי הבית האחרון היה חריג, כאשר בשאר הבתים הפינוי נעשה בהסכמה ותוך כדי הדברות.
אדלשטיין: "ייקוב הדין - לא תמיד הגישה", שלום עכשיו: "העבריינות לא משתלמת"
תומך מפתיע בתושבים המפונים היה שופט העליון בדימוס צבי טל, שאף מתח ביקורת חריפה על בג"ץ שהורה להרוס את הבתים. בביתה של משפחת רגוניס , שבג"ץ הורה להרוס, הוא אמר: "אני מתגעגע לבית המשפט הטורקי. בית המשפט אז לא היה נותן להרוס בית לאחר שנבנה הגג".
יו"ר הכנסת ביקר את פינוי המאחז כשתלה מזוזה בבית אחת מהמשפחות המפונות בבנה המגורים החלופי שסופק לה, ואמר כי בדובר ב"סבל מיותר עבור המשפחות והילדים וחבל שנאלצנו להגיע למצב הזה. יקוב הדין את ההר זו לא תמיד הגישה. מי שיחפש עותרים מזויפים וירוץ לבג״ץ כדי להזיז בית בכמה מטרים, יקבל כתשובה ישובים קבועים ומוסדרים- זה המסר שיוצא מכאן".
לעומת זאת, ב"שלום עכשיו", שהגישה את העתירה יחד עם בעלי הקרקע הפלסטינים, אמרו כי "לאחר 17 שנות גזל, ושנים של התחמקויות, דחיות, מניפולציות וגרירת רגליים, הצדק ייעשה והקרקע הפרטית תפונה כפי שפסק בג"ץ. אנו תקווה כי הפינוי יעביר מסר ברור שעבריינות אינה משתלמת, ושיידע כל מי שגוזל אדמה ובונה בניגוד לחוק כי דינו להתפנות. אנו קוראים למערכת הביטחון לאפשר לבעלי הקרקע הפלסטינים המחכים 17 שנים לשוב לאדמתם לאחר הפינוי".