25%-20% מהנסיעות הממונעות במטרופולין ירושלים נעשות בתחבורה הציבורית, אבל סך ההשקעה המצטברת בתשתית תחבורה ציבורית עומדת על 2,642 שקל לתושב, לעומת כ-7,600 שקל במטרופולין תל אביב וכ-7,700 שקל במטרופולין חיפה. קובע מבקר המדינה בביקורת על התחבורה הציבורית באוטובוסים בירושלים. מהביקורת עולה שכ-25% מנסיעות בתחבורה הציבורית בירושלים נעשו ברכבת הקלה.
בדוח נטען, כי תשתית התחבורה במזרח ירושלים לקויה ואינה מאפשרת להפעיל שירות תחבורה ציבורית נאות באזורים רבים. בנוסף, ריבוי מפעילים במערכת התחבורה הציבורית במזרח העיר מקשה פיתוח של קווים יעילים, ובמצב הזה נוסעים נדרשים לעשות מעברים רבים בין קווים כדי להגיע ליעדם.
מבקר המדינה סבור, כי שיפור התחבורה הציבורית בירושלים מחייב פעילות תכנון מתכללת של משרד התחבורה, שתיתן מענה לצרכים של כלל המשתמשים בעיר. המבקר ממליץ עוד, שמשרד התחבורה ועיריית ירושלים יפעלו לקידום הפרויקטים הרבים המתוכננים בעיר - החל בהקמת חניוני לילה, מסופים ונתיבי תחבורה ציבורית ועד הקמת המסילות העתידיות של הרכבת הקלה.
מבקרה מדינה התייחס בדוח גם לפרויקט חשמול מסילות הרכבת וקובע כי הצפי לסיומו הוא שנת 2025. זאת, לאחר שב-2017 העריכה רכבת ישראל שהפרויקט יסתיים בסוף 2021.
שיעור הביצוע המצטבר מסך אומדן עלות הפרויקט היה בסוף 2019 כ-31% בלבד (ביצוע תקציבי מצטבר של כ-3.7 מיליארד ש"ח מתוך אומדן עלות פרויקט של כ-12.1 מיליארד שקל), ואורך תוואי מסילות הברזל שחושמלו במועד הביקורת (מאי 2020) מהתוואי המתוכנן היה כ-13.3% בלבד (כ-64 ק"מ מתוך כ-480 ק"מ).
בביקורות הקודמות העיר משרד מבקר המדינה כי הדחייה בהפעלת פרויקט החשמול טומנת בחובה הפסד של מאות מיליוני שקלים בשנה למשק. בביקורת המעקב נמצאו דחיות נוספות בהשלמת הפרויקט, ולכן המשרד חוזר על הערת הביקורת הקודמת ולפיה בגלל דחיית השלמת פרויקט החשמול נגרמים למשק נזקים של מאות מיליוני ש"ח בכל שנה שבה הפרויקט נדחה.
עם זאת, מבקר המדינה מציין לחיוב, כי חברת הרכבת מינתה בספטמבר 2019 מנהל מטעמה לתפקיד מנהל מינהלת החשמול והוא מרכז את כל פעילותה. לאחרונה אף הואצו עבודות חשמול המסילה בקו המהיר של הרכבת מירושלים ולפני כחודש העבודות הושלמו עד לתחנת הרצליה.
מרכבת ישראל נמסר בתגובה: "בשנה וחצי האחרונות קיבל פרוייקט החשמול תנופה משמעותית. לוחות הזמנים הוגדרו מחדש ומגלמים הקדמה של כחמש שנים בהשוואה למאפייני הפרוייקט שבדק מבקר המדינה. לוח הזמנים החדש שסוכם עם המדינה הואץ משמעותית ובמסגרתו הקו החשמלי בין ירושלים להרצליה הושלם והופעל מסחרית לנוסעים בהקדמה של חצי שנה בהשוואה להתחייבות שנתנה הרכבת למדינה.
"בתקופה האחרונה, שאופיינה בהפסקה וצמצום תנועת הרככבות בשל הקורונה, שולבו קבלנים נוספים והואצה הקמת תשתית החשמול של הקו מאשקלון לטבעת השרון (בני ברק, ראש העין, כפר סבא והרצליה) ובמקביל, מואצת השלמת המוסך החשמלי באשקלון שיקלוט את הרכבות החשמליות החדושת שיגיעו במהלך השנה הקרובה. לשמחתנו, היגשים אלו מקבלים ביטוי בדוח המבקר".